Habibie juga menerapkan independensi Bank Indonesia yang lebih fokus pada perekonomian Indonesia.
Selain itu, Habibie membuat beberapa keputusan yang sangat berpengaruh terhadap perekonomian Indonesia antara lain:
- Melakukan restrukturisasi dan rekapitulasi perbankan melalui pembentukan BPPN dan unit Pengelola Aset Negara
- Melikuidasi beberapa bank yang bermasalah
- Menaikkan nilai tukar rupiah terhadap dolar hingga di bawah Rp. 10.000,00
- Membentuk lembaga pemantau dan penyelesaian masalah utang luar negeri
- Mengimplementasikan reformasi ekonomi yang disyaratkan IMF
- Mengesahkan UU No. 5 tahun 1999 tentang Larangan Praktik Monopoli dan Persaingan yang Tidak Sehat
- Mengesahkan UU No. 8 tahun 1999 tentang Perlindungan Konsumen
Kedua, Demokrasi ditegakkan.
Munculnya partai-partai politik di Indonesia bahkan terdapat puluhan partai politik dikarenakan kebijakan Habibie yang memberi kebebasan pada rakyat untuk menyalurkan aspirasinya melalui pembentukan tiga undang-undang yang demokratis yaitu :
- UU No. 2 tahun 1999 tentang Partai Politik
- UU No. 3 tahun 1999 tentang Pemilu
- UU No. 4 tahun 1999 tentang Susunan Kedudukan DPR/MPR
Habibie pun tak tanggung-tanggung mencabut larangan berdirinya serikat-serikat buruh independen yang dibuat oleh pemerintahan Soeharto. Termasuk pembebasan narapidana Sri Bintang Pamungkas dan Muchtar Pakpahan.
Ketiga, Regulasi pemberantasan korupsi dan batasan masa jabatan presiden.
Untuk meredam korupsi era orde baru yang dilakukan secara besar-besaran, Habibie mengeluarkan Tap MPR No. XI/MPR/1998, tentang penyelenggaraan negara yang bersih dan bebas korupsi, kolusi, dan nepotisme.
Termasuk Tap MPR No. XIII/MPR/1998, tentang Pembatasan masa jabatan Presiden dan Wakil Presiden maksimal hanya dua kali periode.
Keempat, Penegakan HAM.
Pelanggaran HAM yang terjadi di zaman orde baru sungguh memprihatinkan. Puluhan aktivis yang hilang tanpa jejak menunjukkan bahwa HAM tidak ada gunanya di zaman itu.
Oleh karena itu, Habibie menerbitkan Tap MPR No. XVII/MPR/1998, tentang Hak Asasi Manusia (HAM) untuk menegakkan kembali HAM sebagai hak dasar setiap manusia.