Bagaimana ceritanya sehingga gaji-gaji para dosen tersebut tidak dibayar dalam jangka waktu yang panjang?
Para diapora Indonesia yang sedang bekerja di Luar Negeri pada saat itu diundang untuk kembali ke Indonesia oleh Prof. Yohanes Surya berdasarkan email yang dikirim oleh Prof. Yohanes Surya pada bulan Mei 2010. Tidak hanya lewat email, Prof. Yohanes Surya sampai terbang ke luar negeri menemui para diaspora tersebut dan membujuknya untuk bergabung ke lembaga pendidikan yang dimilikinya. Sehingga berbondong-bondonglah  para dosen/peneliti/diaspora tersebut bergabung ke Lembaga Pendidikan yang dimiliki oleh Prof. Yohanes Surya.Â
Berdasarkan list berita di atas ada 200 orang doktor dan ilmuwan berprestasi yang berhasil direkrut oleh Prof. Yohanes Surya. Mereka ingin bergabung ke Lembaga Pendidikan yang dimiliki oleh Prof. Yohanes Surya karena ditawari gaji yang tinggi, mendapatkan tanah untuk rumah, laboratorium yang canggih dsb. Â Mereka setelah direkrut bekerja secara giat untuk memajukan lembaga pendidikan milik Prof. Yohanes Surya tersebut.Â
Akan tetapi sejak 2014, gaji para dosen dan tenaga pendididikan yang bekerja pada Lembaga Pendidikan yang dimiliki oleh Prof. Yohanes Surya mulai tersendat pembayarannya.Â
Gaji-gaji tersebut dibayar tidak sesuai tanggal penggajian, misalkan sesuai perjanjian gaji tersebut di bayar tiap akhir bulan, tapi di bulan berikutnya dibayar tanggal 15, kemudian di bulan berikutnya dibayar tanggal 30, sehingga dalam satu tahun ada sekitar 4-6 bulan gaji yang belum dibayar.Â
Gaji yang belum dibayar ini terus diakumulasi bertambah besar jumlahnya, bahkan hingga saat ini (2022) gaji bagi para dosen yang masih bertahan di  Lembaga Pendidikan yang dimiliki oleh Prof. Yohanes Surya masih tersendat pembayarannya. Akumulasi gaji tersebut meningkat hingga bisa mencapai ratusan juta rupiah bagi setiap dosen.Â
Tidak hanya gaji sebenarnya yang bermasalah tapi juga iuran Asuransi tenaga kerja juga tidak dibayarkan oleh Lembaga Pendidikan yang dimiliki oleh Prof. Yohanes Surya yang sebenarnya menjadi hak para pekerja sesuai amanat undang-undang, juga pembayaran THR yang tersendat dan uang pesangon yang diabaikan, selain itu ada  pemotongan gaji secara sepihak oleh Yayasan. Tapi para dosen masih tetap sabar dan bekerja dengan semangat walau gajinya dibayarkan secara tersendat.
Tunggakan gaji yang makin lama makin besar membuat para dosen berusaha menagih karena itu merupakan hak setiap pekerja. Akan tetapi Prof. Yohanes Surya, melalui pengurus Yayasan Surya Institute selalu mengelak, tidak adanya pembayaran gaji secara lancar bagi para dosen dan tenaga pendidikan membuat bencana bagi mereka, misalkan untuk makan sehari-hari, biaya anak sekolah, cicilan kredit rumah, kesehatan dan sebagainya , apabila gaji tidak dibayarkan maka para dosen dan tenaga pendidikan tersebut tidak bisa makan dengan normal, pendidikan sekolah anak-anaknya terbengkalai, kredit rumah tidak bisa dibayar sehingga rumahnya disita bank dan tidak bisa berobat ketika sakit.Â
Berdasarkan laporan, ada dosen-dosen yang kesulitan membayar rumah sakit karena gajinya tidak dibayarkan akhirnya dosen tersebut meninggal.Â
Hingga saat ini ada 4 orang dosen bertitel doktor yang sudah meninggal padahal gaji-gaji mereka hingga hari ini belum dibayarkan. Bencana seperti ini yang tidak dipikirkan oleh Prof. Yohanes Surya ketika merekrut mereka untuk bergabung pada Lembaga Pendidikan yang dimilikinya saat itu.Â
Sebenarnya Prof. Yohanes Surya dapat memberhentikan para staff tersebut apabila memang tidak mampu untuk menggaji mereka. Akan tetapi mengingat memberhentikan pekerja harus membayar pesangon kepada pekerja tersebut membuat opsi ini tidak dilakukan. Yang dilakukan oleh Prof. Yohanes Surya dan Pengurus Yayasan adalah membuat pekerja susah karena gajinya tersendat, sehingga pekerja tersebut tidak betah bekerja dan pindah ke tempat lain dan tidak perlu membayar pesangon, karena pekerja tersebut mengundurkan diri. Ini pengalaman dari para dosen dan tenaga pendidikan yang telah berpindah bekerja di tempat yang lain.