Kemenangannya yang begitu cepat mengundang reaksi dari para penguasa Hindu setempat. Proklamasi 1526 M yang dikumandangkan Babur mendapat tantangan dari Rajput dan Rana Sanga yang didukung oleh para kepala suku India Tengah dan umat Islam setempat yang belum tunduk pada penguasa yang baru tiba itu, sehingga ia harus berhadapan langsung dengan dua kekuatan sekaligus. Tantangan tersebut dihadapi Babur pada tanggal 16 Maret 1527 M di Khanus dekat Agra. Babur memperoleh kemenangan dan Rajput jatuh ke dalam kekuasaannya. Setelah Rajput dapat ditundukkan, konsentrasi Babur diarahkan ke Afghanistan, yang saat itu dipimpin oleh Mahmud Lodhi, saudara Ibrahim Lodhi. Kekuatan Mahmud dapat dipatahkan oleh Babur tahun 1529 M, sehingga Gogra dan Bihar jatuh ke bawah kekuasaannya. Pada tahun 1530 M, Babur meninggal dunia dalam usia 48 tahun setelah memerintah selama 30 tahun, dengan meninggalkan kejayaan-kejayaan yang cemerlang.
Babur bukanlah orang India. Syed Mahmudunnasir menulis, "Dia bukan orang Mughal. Di dalam memoarnya dia menyebut dirinya orang Turki, akan tetapi cukup aneh, dinasti yang didirikannya dikenal sebagai dinasti Mughal. Sebenarnya Mughal menjadi sebutan umum bagi para petualang yang suka perang dari Persia di Asia Tengah, dan meskipun Timur (Timur Lenk) dan semua pengikutnya menyumpahi nama itu sebagai nama musuhnya yang paling sengit, nasib merekalah untuk dicap dengan nama itu, dan sekarang tampaknya terlambat untuk memperbaiki kesalahan itu."Â
Berdasarkan pendapat tersebut, sesuatu yang dapat disepakati bahwa kerajaan Mughal merupakan warisan kebesaran Timur Lenk dan bukan warisan keturunan India yang asli. Meskipun demikian, dinasti Mughal telah memberikan warna tersendiri bagi peradaban India yang sebelumnya sangat identik dengan peradaban dan memeluk agama Hindu.
Sepeninggal Babur, tahta kerajaan Mughal diteruskan oleh anaknya yang bernama Humayun. Sekalipun Babur berhasil menegakkan Mughal dari serangan musuh, namun Humayun tetap saja menghadapi banyak tantangan. Ia berhasil mengalahkan pemberontakan Bahadur Shah, penguasa Gujarat yang bermaksud melepaskan diri dari Delhi. Pada tahun 1540 M, Humayun mengalami kekalahan dalam peperangan yang dilancarkan oleh Sher Khan dari Afghanistan. ia melarikan diri ke Persia. Di pengasingan ini, ia menyusun kekuatannya.Â
Pada saat itu, Persia dipimpin oleh penguasa Safawiyah yang bernama Tahmasp. Setelah lima belas tahun menyusun kekuatannya dalam pengasingan di Persia, Humayun berhasil menegakkan kembali kekuasaan Mughal di Delhi pada tahun 1555 M. Ia mengalahkan kekuatan Khan Shah. Setahun setelah itu (1556 M), ia meninggal dunia karena terjatuh dari tangga perpustakaannya, Din Panah. Sepeninggalnya, kerajaan Mughal diperintah oleh anaknya yang bernama Akbar.
- Kemajuan dan Kejayaan Kerajaan Mughal
- Sultan Akbar-The Great (1556-1605)
Masa kejayaan Mughal dimulai pada masa pemerintahan Akbar (1556-1605 M), dan tiga raja penggantinya, yaitu Jahangir (1605-1628 M), Shah Jahan (1628-1658 M), Aurangzeb (1658-1707 M). Setelah itu, kemajuan kerajaan Mughal tidak dapat dipertahankan oleh raja-raja berikutnya.
Nama sebenar Akbar ialah Muhammad, dan mempunyai beberapa gelaran seperti Abu al-Fath, Jalal al-Din, dan Akbar. Namun begitu, Akbar merupakan gelaran yang sinonim dan lebih dikenali apabila merujuk kepada diri beliau. Malah, Akbar itu sendiri bermaksud seseorang yang agung. Beliau dilahirkan pada 15 Oktober 1542 M di Umarkot, hasil perkawinan antara pemerintah Mughal kedua, Nasir al-Din Humayun dan Hamidah Banu Begum. Kelahiran Akbar telah menggembirakan hati Humayun karena beliau dikaruniakan seorang anak lelaki yang akan mewarisi kekuasaannya. Hal tersebut turut mengobati sedikit kekecewaan dan memberikan harapan kepada Humayun untuk menguasai semula Delhi setelah ditewaskan oleh Sher Khan Shah pada tahun 1540 M.
Akbar menggantikan ayahnya pada saat ia berusia 14 tahun, sehingga seluruh urusan kerajaan diserahkan kepada Bairam Khan, seorang Syi'i. Pada masa pemerintahannya, Akbar melancarkan serangan untuk memerangi pemberontakan sisa-sisa keturunan Sher Khan Shah yang berkuasa di Punjab. Pemberontakan lain dilakukan oleh Himu yang menguasai Gwalior dan Agra. Pemberontakan tersebut disambut oleh Bairam Khan, sehingga terjadilah peperangan dahsyat yang disebut Panipat I pada tahun 1556 M. Himu dapat dikalahkan dan ditangkap kemudian dieksekusi. Dengan demikian, Agra dan Gwalior dapat dikuasai penuh.
Setelah Akbar dewasa, ia berusaha menyingkirkan Bairam Khan yang sudah mempunyai pengaruh kuat dan terlampau memaksakan kepentingan aliran Syiah. Bairam Khan memberontak, tetapi dapat dikalahkan oleh Akbar di Jullandur tahun 1561 M. Setelah persoalan dalam negeri dapat diatasi, Akbar mulai menyusun program ekspansi. Ia dapat menguasai Chundar, Ghond, Chitor, Ranthabar, Kalinjar, Gujarat, Surat, Bihar, Bengal, Kashmir, Orissa, Deccan, Gawilgarh, Narhala, Ahmadnagar, dan Asirgah. Wilayah yang sangat luas itu diperintah dalam suatu pemerintahan militeristik.
Keberhasilan ekspansi militer Akbar menandai berdirinya Mughal sebagai sebuah kerajaan besar. Dua gerbang India, yakni kota Kabul sebagai gerbang ke arah Turkistan dan kota Kandahar sebagai gerbang ke arah Persia, dikuasai oleh pemerintahan Mughal. Menurut Abu Suud, dengan keberhasilan ini, Akbar bermaksud ingin mendirikan Negara Bangsa (Nasional). Maka kebijakan yang dijalankan tidak begitu menonjolkan spirit Islam, akan tetapi bagaimana mempersatukan berbagai etnis yang membangun dinastinya. Keberhasilan Akbar mengawali masa kemajuan kerajaan Mughal.
Prestasinya yang luar biasa di dalam menyatukan India dalam lingkup satu kesatuan sosial politik adalah suatu inovasi yang tiada tanding dan belum pernah dicapai oleh para elit penguasa Islam India pada masa kekuasaan Islam di India. Ia juga telah menunjukkan kecakapannya tidak hanya dalam bidang kemiliteran, melainkan juga dalam berbagai bidang, antara lain bidang administratif atau pemerintahan, ekonomi, pembangunan infrastruktur, dan arsitektur bangunan, dan sebagainya. Atas prestasi-prestasinya itu maka wajar jika para sejarahwan menempatkan Akbar pada posisi tertinggi di antara sederetan pemimpin Islam India.