Bangsa Eropa yang datang ke wilayah Nusantara menyebutnya Hindia Timur. Dengan menggunakan bendera maskapai dagang, mereka tiba di wilayah Hindia Timur mulanya untuk berdagang, bekerja sama dengan penguasa lokal, lalu memonopoli perdagangan kemudian menguasai pelabuhan, kota, dan bahkan beberapa bagian wilayah kerajaan. Bangsa Portugis, Inggris, Spanyol, dan Belanda adalah bangsa Eropa yang aktif berdagang ke wilayah Hindia Timur. VOC maskapai dagang milik Belanda berhasil mendominasi perdagangan di Hindia Timur.Â
Pada abad ke-17, VOC membangun dan mengurus kota Batavia, ibu kota imperium dagangnya di Asia-Afrika, dengan pajak sehingga bisa sukses hingga ibu kota itu mendapat sebutan "Koningen Het van Oosten" atau "Ratu di Timur". Dari kota Batavia dapat dilihat betapa VOC dapat dikatakan sebuah pemerintahan tanpa biaya karena beban keuangan menjadi tanggungan bersama sebagaimana terlihat dari berbagai peraturan pajak yang dikeluarkan untuk keperluan ini. VOC hidupnya sungguh sangat bergantung pada pajak. Fase Hindia Timur, Masa Hindia Belanda: Fase Liberal (1870--1942) Pada 1870, sistem tanam paksa melalui perundangan dinyatakan berakhir.Â
Sistem ini dianggap kaum penganut ekonomi liberal yang menyatakan membawa semangat humanisme Aufklarung Eropa ke Hindia Belanda menguntungkan Belanda meraup surplus, tetapi telah menimbulkan kesengsaraan berupa standar hidup yang rendah penduduk pribumi, akibat pajak langsung dan tidak langsung yang terlalu tinggi, upah tenaga kerja paksa yang tidak memadai dan kurangnya perhatian terhadap kesejahteraan. Antara 1850 sampai 1880 diambil langkah untuk mengatasi keluhan-keluhan ini.Â
Salah satu langkahnya adalah sistem hak milik perorangan terhadap tanah, tetapi banyak ditolak karena sistem lama sudah berakar soal tanah dan lagi pula pajak tanah tetap tinggi karena hakekatnya pemerintah kolonial tetap menerapkan sistem sewa tanah antara negara dengan rakyat. Sementara barang-barang dari luar yang diperlukan rakyat dibebani rupa-rupa pajak.Â
Pada saat itu rakyat harus "membeli uang", artinya rakyat harus menjual pelayanan dan barang-barang untuk memperoleh uang pembayar pajak dan pembeli barang-barang lain yang dibutuhkan. Fase Tanam Paksa, Masa Pendudukan Jepang (1942--1945) Kendati masa pendudukan Jepang relatif pendek, bukan berarti tidak melanjutkan pola atau tatanan ekonomi yang sudah dibentuk sebelumnya. Periode sebelumnya, tanah menjadi sumber pajak utama bagi penguasa.Â
Era Jepang, tanah lebih ditujukan untuk pelipatgandaan hasil bumi yang penting bagi Jepang. Masuknya Jepang  ke Indonesia mengubah nuansa feodal yang diterapkan kolonial Belanda. Jepang meneruskan land rent yang dikenakan Inggris dan kolonial Belanda terhadap semua jenis tanah produktif dan diwajibkan pajaknya kepada desa, bukan perseorangan. Namun pada masa pemerintahan Jepang, nama land rent atau landrente diubah menjadi land tax. Setelah proklamasi kemerdekaan Indonesia pada 1945, nama land tax atau pajak tanah disebut dengan Pajak Bumi. Pemerintah pendudukan Jepang juga menetapkan sistem wajib serah padi. Selain itu juga ditetapkan pembayaran pajak untuk penggunaan fasilitas fasilitas tertentu, seperti jembatan, jalan raya, dan fasilitas umum lainnya. Masyarakat juga diwajibkan untuk membayar pajak sepeda bagi siapa saja yang memilikinya.Â
-Periode Republik Indonesia dalam Revolusi Kemerdekaan (1945--1950)Â
Setelah proklamasi kemerdekaan Republik Indonesia 17 Agustus 1945, para pendiri Republik menuangkan masalah pajak ke dalam Undang-Undang Dasar 1945 Hal Keuangan. Dalam Pasal 23 yang memuat lima butir ketentuan, butir kedua menyatakan bahwa "Segala pajak untuk keperluan negara berdasarkan Undang-Undang". Dengan demikian, pajak sebagai "nyawa" negara telah secara resmi diatur oleh Undang-Undang 1945. Dua hari kemudian tepatnya pada 19 Agustus 1945, organisasi Kementerian Keuangan langsung dibentuk dan di dalamnya antara lain terdapat Pejabatan Pajak. Susunan organisasi itu disusun dalam keadaan mendesak, karena tidak lama setelah proklamasi kemerdekaan Indonesia, Belanda datang kembali dan ingin berkuasa di Indonesia dengan membentuk Netherlands Indie Civil Administration (NICA). Pada 1946 ketika Belanda melancarkan Agresi Militer pertama, Kementerian Keuangan, termasuk Pejabatan Pajak harus mengikuti Presiden Soekarno dan seluruh jajaran Kabinet hijrah ke Yogyakarta dan sekitarnya. Pejabatan Pajak berkantor pusat di Magelang.
-Periode Pemerintahan Presiden Soekarno (1950--1966)Â
Sesuai dengan Pasal 23 A UUD 1945 yang berbunyi, "Pajak dan pungutan yang bersifat untuk keperluan negara diatur dengan Undang-Undang." Namun, pemerintahan Presiden Soekarno pascarevolusi kemerdekaan mengalami situasi yang belum stabil. Undang-undang belum dapat dilaksanakan dengan baik. Untuk mengelola pendapatan negara dari pajak, pemerintah masih kesulitan. Itu sebabnya aturan warisan kolonial masih digunakan. Perlahan pemerintah membenahi berbagai aturan, di antaranya pada 1957 mengganti Pajak Peralihan dengan nama Pajak Pendapatan Tahun 1944 yang disingkat dengan Ord. PPd. 1944. Jawatan Pajak Hasil Bumi pada Direktorat Jenderal Moneter yang bertugas melakukan pungutan pajak hasil bumi dan pajak atas tanah, pada 1963 diubah menjadi Direktorat Pajak Hasil Bumi. Dua tahun kemudian berubah lagi menjadi Direktorat Iuran Pembangunan Daerah atau Ipeda. Pemerintah mulai mendirikan kantor-kantor Inspeksi Keuangan di tingkat kabupaten dan kota yang diresmikan oleh Soejono Brotodihardjo. Pembentukan kantor-kantor ini adalah usaha untuk menggali potensi pajak di masyarakat karena perekonomian yang terus berkembang.Â
-Periode Pemerintahan Presiden Soeharto (1967--1998)Â