Dari perbedaan tersebut untuk itu perlu kita sandingkan apa yang menjadi kekurangan dan kelebihan (advantage and disadvantage) dan dari segi cost and benefit dengan menyandingkan Imigrasi dan Pemasyarakatan secara umum sebagai berikut:
Kelebihan:
1. Dapat mengurangi biaya operasional dan administrasi.
2. Koordinasi dalam penanganan permasalahan lebih cepat dan dalam pengambilan keputusan.
3. Memudahkan dalam mengelola dan mengintegrasikan data Imigrasi dan Pemasyarakatan.
4. Meningkatkan kualitas pelayanan publik dengan 2 instansi Kementerian lebih fokus.
Kekurangan:
1. Kesulitan integrasi karena tugas pokok dan fungsi yang berbeda.
2. Menimbulkan konflik kepentingan yang berbeda.
3. Kendala dalam mengelola budaya kerja dan nilai nilai.
4. Pengurangan spesialisasi dan keahlian khusus.
