Tudingan itu mendapatkan reaksi keras dari Bandung, tempat Moestopo mendapat dukungan luas mahasiswa.  Pada 8  Agustus 1963 Senat Mahasiswa Fakultas Publitistik Unpad  menyatakan protes yang diajukan  CGMI atas  pernyatan yang diajukan CGMI  di Surabaya.  Pernyataan itu bersifat provokatif dan mengadu domba  Prof Dr Moestopo dengan Presiden Sukarno.
"Senat Mahasiswa Publististik tidak meragukan kesetiaan Pak Moes," Â cetus SM Â Fakultas Publitistik.
Perbedaan latar belakang antara dua pejabat  pendidikan, yaitu Prof Dr Prijono yang merupakan tokoh penting Partai  Murba  yang menjabat Menteri PPDK  dan Thojib Hadiwijaya yang menjabat Menteri pendidikan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan,  bukan datang dari  politisi, tetapi murni orang ilmuwan dan orang kampus. Â
Itu sebab keduanya berbeda dalam soal korps perdamaian  AS dan penanganan terhadap  mahasiswa.  Thojib juga pertama kali mencetus Tri Dharma Perguruan Tinggi yang menjadi tujuan perguruan tinggi  pada 1961.  Begitu juga dengan Moestopo, sekalipun punya latar belakang  militer  dan berkiprah dalam Perang Kemerdekaan, Moestopo juga seorang dokter gigi.Â
Selain memberikan kontribusi  terhadap pendirian beberapa fakultas di Universitas Padjajaran, dia menggagas berdirinya Dr. Moestopo Dental College pada 1958 yang kemudian berkembang menjadi perguruan tinggi pada 15 Februari 1961. Kampusnya kelak diberi nama Universitas Prof. Dr. Moestopo, terletak di Jalan Hang Lekir, Jakarta Pusat.
Moestopo juga ikut membentuk Tim  Indoktrinasi Pancasila dan Manipol RI di Unpad,  yang terdiri dari 25 orang  pada Rabu 17 Juli 1963. Dalam pelantikan Rektor  Unpad Prof Dr  Soeria Soemantri mengungkapkan bahwa universitas  telah dijadikan alat oleh golongan tertentu.   Â
Pada pernyataanya di gedung Universitas NU Bandung pada peringatan Maulid Nabi pada 10 Agustus 1963 oestopo mmenyranakankonsekuensi setiap warga negara yang mengakui Pancasila sebagai dasar negara harus beragama.
"Namun masih  ada  yang mengingkarinya.. Kita wajib mengikis habis sampai ke akarnya," ucap Moestopo.
Moestopo bahkan menyebut kelompok yang dimaksud adalah orang-orang  komunis sebagai mempercayai historis materealis.  Segalanya diarahkan kepada kebendaan.
"Tugas kita sebagai umat Islam menginsyafkan mereka yang tidak bertuhan dengan pandangan historis-religius. Â Apa yang dilakukan Nabi Muhammad dulu juga tergolong [progresif revolusioner, " ujar Moestopo, menyindir jargon progresif revolusioner yang kerap diklaim hanya dimiliki kelompok kiri. Â Â Â Â
Fragentasi Gerakan Mahasiswa Makin Melebar