SARS-CoV-2 Berasal-usul dari Hewan

Sarbecovirus terkait erat dengan Virus Corona SARS-CoV-2 yang secara evolusi paling dekat dengan Sindrom Pernafasan Akut Parah Virus Corona-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Corona-2/SARS-CoV-2) telah diambil sampelnya di China, Kamboja, Jepang, dan Thailand. Pohon filogenetik, yang disimpulkan dari wilayah genom yang diminimalkan untuk rekombinasi, menunjukkan sarbecovirus terkait erat dengan SARS-CoV-2. Spesies inang untuk setiap virus, kelelawar tapal kuda (Rhinolophus), manusia (Homo sapiens), dan trenggiling (Manis javanica) dan tahun pengambilan sampel ditunjukkan pada kunci. Longquan 140 disimpulkan dari wilayah genomik lain (garis putus-putus).

Perdagangan hewan-hewan yang rentan terhadap virus corona kelelawar kemungkinan menjadi penyebab dari Pandemi COVID-19.
Walaupun pertama kali terdeteksi pada Desember 2019, COVID-19 diduga hadir di provinsi Hubei, China, sekitar sebulan sebelumnya.
Dari mana asalnya penyakit baru manusia ini?

Untuk memahami asal mula pandemi COVID-19, kita perlu kembali ke 2002. Saat itu virus corona pernapasan baru muncul di Foshan, provinsi Guangdong, China, dan menyebar ke 29 negara. Secara keseluruhan hampir 8.000 orang terinfeksi dengan Virus Corona Sindrom Pernafasan Akut Parah (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus/SARS-CoV) sebelum tindakan kesehatan masyarakat yang mengendalikan penyebarannya pada 2003.

Asal usul hewani (zoonotik) dari SARS-CoV kemudian dikaitkan dengan hewan hidup yang tersedia di pasar. Peristiwa limpahan sporadis lebih lanjut dari SARS-CoV hewani terjadi di Guangzhou, Guangdong, dan beberapa peneliti yang bekerja dengan virus yang dikultur terinfeksi dalam kecelakaan laboratorium, tetapi pada akhirnya SARS-CoV terhapuskan dari populasi manusia. Perdagangan hewan inang yang rentan adalah tema umum yang penting dalam merebaknya SARS dan COVID-19.

Tiga tahun setelah epidemi SARS dimulai, penyelidikan mengungkapkan bahwa kelelawar tapal kuda (Rhinolophus) di China menyimpan virus corona terkait. Ini secara kolektif membentuk spesies virus corona terkait SARS (SARSr-CoV), yang terdiri dari subgenus Sarbecovirus dari genus Betacoronavirus.

Disimpulkan bahwa sarbecovirus yang beredar pada kelelawar tapal kuda menyemai nenek moyang SARS-CoV pada inang hewan perantara, kemungkinan besar inang untuk SARS-CoV telah teridentifikasi, khususnya anjing rakun dan musang (yang dijual bersama luwak di pasar hewan), ini adalah populasi luwak di pasar yang tampaknya telah bertindak sebagai saluran penularan ke manusia dari reservoir kelelawar tapal kuda SARS-CoV, bukan luwak yang menjadi spesies inang reservoir jangka panjang.

Agaknya luwak penangkaran awalnya terinfeksi melalui kontak langsung dengan kelelawar, misalnya, sebagai akibat kelelawar mencari makan di peternakan atau pasar, atau terinfeksi sebelum ditangkap.

Setelah terjadinya epidemi SARS, pengawasan lebih lanjut mengungkapkan ancaman langsung yang ditimbulkan oleh sarbecovirus dari kelelawar tapal kuda.

Terlepas dari peringatan yang jelas ini, anggota lain dari spesies SARSr-CoV, yaitu SARS-CoV-2, muncul pada 2019 dan menyebar dengan efisiensi yang belum pernah terjadi sebelumnya di antara manusia.

Ada spekulasi bahwa Institut Virologi Wuhan (Wuhan Institute of Virology/WIV) di Hubei adalah sumber pandemi karena belum ada inang perantara SARS-CoV-2 yang telah teridentifikasi hingga saat ini dan karena lokasi geografis WIV.

SARS-CoV-2 pertama kali muncul di kota Wuhan, yang berjarak > 1.500 km dari kota terdekat yang diketahui terdapat sarbecovirus alami yang dikumpulkan dari kelelawar tapal kuda di provinsi Yunnan, yang mengarah ke teka-teki yang jelas: Bagaimana SARS-CoV-2 tiba di Wuhan? Sejak kemunculannya, pengambilan sampel telah mengungkapkan bahwa virus corona yang secara genetik dekat dengan SARSCoV-2 beredar di antara kelelawar-kelelawar tapal kuda, yang tersebar luas dari China Timur ke Barat, dan ke Asia Tenggara dan Jepang.

Rentang geografis yang luas dari inang reservoir potensial, misalnya spesies kelelawar tapal kuda sedang (R. affinis) atau terkecil (R. pusillus), yang diketahui terinfeksi sarbecovirus, menunjukkan bahwa fokus tunggal pada Yunnan adalah salah tempat.

Mengkonfirmasi pernyataan ini, sarbecovirus kelelawar yang paling dekat secara evolusioner diperkirakan memiliki nenek moyang yang sama dengan SARS-CoV-2 setidaknya 40 tahun yang lalu, menunjukkan bahwa virus yang dikumpulkan di Yunnan ini sangat berbeda dari nenek moyang SARS-CoV-2.

Virus pertama yang dilaporkan oleh WIV, RaTG13, tentu saja terlalu berbeda dengan nenek moyang SARS-CoV-2, memberikan bukti genetik kunci yang melemahkan gagasan "kebocoran laboratorium."

Selain itu, tiga sarbecovirus lainnya yang sekarang dikumpulkan di Yunnan terlepas dari WIV adalah coronavirus kelelawar yang paling dekat dengan SARS-CoV-2 yang telah diidentifikasi: RmYN02, RpYN06, dan PrC31 (lihat gambar judul).

Jadi, bagaimana SARS-CoV-2 menulari manusia?
Meskipun ada kemungkinan bahwa limpahan virus terjadi melalui kelelawar tapal kuda langsung ke kontak manusia, risiko yang diketahui untuk SARSr-CoVs, kasus SARS-CoV-2 yang pertama kali terdeteksi pada Desember 2019 terkait dengan pasar basah Wuhan. Ini konsisten dengan beberapa kejadian limpahan terkait pasar hewan di bulan November dan Desember.

Saat ini tidak mungkin untuk memastikan sumber hewan dari SARS-CoV-2, tetapi patut dicatat bahwa hewan hidup, termasuk luwak, rubah, cerpelai, dan anjing rakun, yang rentan terhadap sarbecovirus, semuanya dijual di pasar Wuhan, termasuk pasar Huanan (yang teridentifikasi sebagai episentrum wabah di Wuhan) sepanjang 2019. Banyak dari hewan-hewan ini diternakkan untuk diambil bulunya dalam skala besar dan kemudian dijual ke pasar hewan.

Beberapa spesies ternak ini (cerpelai Amerika, rubah merah, dan anjing rakun) dijual hidup-hidup untuk makanan oleh penjual hewan Wuhan, seperti satwa liar yang terperangkap (termasuk anjing rakun dan musang), meskipun tidak ada spesies kelelawar yang dijual.

Bersama-sama, ini menunjukkan peran sentral hewan inang perantara hidup yang rentan terhadap SARSr-CoV sebagai sumber utama nenek moyang SARS-CoV-2 yang terpapar ke manusia, seperti yang terjadi dengan asal usul SARS.

Jika rute penularan ke manusia ini ada, mengapa kemunculannya sangat jarang sehingga hanya ada 2 wabah besar yang terjadi dalam 2 dekade terakhir?

Peristiwa limpahan tidak sangat aneh di lokasi di mana kontak manusia-hewan lebih sering terjadi. Ini terlihat dari kajian serologi yang menunjukkan bukti antibodi spesifik SARSr-CoV pada orang-orang yang tinggal di lokasi pedesaan, dan tingkat yang lebih tinggi tercatat pada orang-orang yang tinggal di dekat gua kelelawar.

Risiko limpahan akan meningkat dengan perambahan manusia ke daerah pedesaan, yang diakibatkan oleh jaringan perjalanan baru di sekitar dan antar wilayah perkotaan.

Ketika virus baru kemudian terpapar ke populasi manusia yang padat, seperti di kota Wuhan, peristiwa limpahan ini memiliki peluang yang jauh lebih tinggi untuk menghasilkan penyebaran lanjutan yang substansial.

Satu peristiwa ekologis tertentu di China yang sangat mengganggu perdagangan daging, dan karenanya berkontribusi pada peningkatan kontak satwa liar-manusia, adalah kekurangan produk daging babi pada 2019.

Ini adalah konsekuensi langsung dari pandemi Virus Demam Babi Afrika (African Swine Fever Virus/ASFV), yang menyebabkan hampir 150 juta babi dimusnahkan di China, mengakibatkan pengurangan pasokan daging babi dari hampir 11,5 juta metrik ton pada 2019.

Walaupun produksi daging lainnya, seperti unggas, daging sapi, dan produk ikan, sedikit meningkat dan China mengimpor lebih banyak produk ini dari pasar internasional untuk mengurangi kekurangan, pasokan ini hanya menutupi sebagian kecil dari kekurangan daging babi terkait ASFV. Akibatnya, harga daging babi mencapai rekor tertinggi di bulan November 2019, dengan harga grosir meningkat hampir 2,3 kali dibandingkan dengan tahun sebelumnya.

Selain itu, produksi babi telah dipindahkan dari China Selatan ke China Utara sejak 2016. Ini, ditambah dengan pembatasan ketat pada pergerakan babi hidup dan produk babi untuk mengurangi pandemi ASFV, mengurangi ketersediaan daging babi di provinsi Timur dan Selatan, yang mengakibatkan kenaikan harga yang jauh lebih tinggi di wilayah ini.

Sebagai tanggapan, konsumen dan produsen makanan mungkin telah menggunakan daging alternatif, termasuk satwa liar yang dibudidayakan atau ditangkap, terutama di China Selatan di mana satwa liar dikonsumsi secara tradisional.

Meningkatnya perdagangan hewan ternak dan satwa liar yang rentan bisa menyebabkan manusia lebih sering berhubungan dengan produk daging dan hewan yang terinfeksi patogen zoonotiks, termasuk SARSr-CoVs.

Ada laporan kontroversial tentang kasus SARS-CoV-2 manusia di China yang dilacak kembali ke kontak dengan makanan beku impor dan SARS-CoV-2 tampaknya teridentifikasi pada makanan beku, kemasan, dan permukaan penyimpanan.

Dalam upaya untuk mencegah penyebaran ASFV melalui rute transportasi babi hidup, pasokan melalui jaringan angkutan dingin telah didorong oleh pemerintah China sejak Oktober 2018, dengan dukungan yang lebih kuat sejak September 2019 berupa pembebasan biaya tol  daging babi beku.

Banyaknya permintaan daging babi memfasilitasi penggunaan transportasi jaringan angkutan dingin untuk semua jenis daging, khususnya dari tempat-tempat dengan harga lebih rendah ke tempat-tempat dengan harga lebih tinggi, secara legal (atau ilegal), juga berpotensi mengangkut spesies yang rentan terhadap infeksi SARSr-CoV.

Laporan Asal Usul oleh Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) mencatat bangkai satwa liar, terutama musang, tertinggal dalam freezer di pasar Huanan, serta penjualannya sebagai barang beku pada akhir Desember 2019.

Kemungkinan satwa liar ini telah terperangkap atau diternakkan di tempat lain dan dijual ke pasar Wuhan melalui jaringan angkutan dingin. Paparan juga berpotensi terjadi melalui pemberian makan bangkai yang terinfeksi virus corona ke hewan hidup baik, baik dalam angkutan maupun di pasar.

Munculnya SARS-CoV-2 memiliki sifat yang konsisten dengan limpahan alami. Walaupun pengangkutan dari gua kelelawar sarbecovirus cukup dekat dengan SARSCoV-2 untuk menjadi nenek moyang sebagai sampel penelitian ke WIV secara teoritis dimungkinkan, skenario seperti itu akan sangat tidak mungkin dibandingkan dengan skala kontak hewan rentan dengan manusia yang secara rutin terjadi dalam perdagangan hewan.

Sebagai alternatif, guano (feses) kelelawar dikumpulkan untuk digunakan sebagai pupuk, sekali lagi dalam skala yang jauh lebih besar daripada kunjungan penelitian tidak teratur ke gua-gua kelelawar, konsisten dengan penularan SARSr-CoV yang jarang terjadi tetapi terus berlanjut ke manusia di daerah pedesaan.

Secara keseluruhan, penularan SARSr-CoV dari hewan ke manusia terkait dengan hewan hidup yang terinfeksi adalah penyebab paling mungkin dari pandemi COVID-19.

Namun, skala besar pasokan jaringan angkutan dingin, terutama setelah disrupsi pada industri daging di China yang disebabkan oleh pemusnahan terkait ASFV, mengisyaratkan bahwa bangkai hewan rentan yang dibekukan, baik untuk konsumsi manusia atau hewan, tidak boleh diabaikan karena berperan dalam munculnya dari SARS-CoV-2.

Ini terutama akan terjadi jika populasi nenek moyang SARSCoV-2 ditemukan lebih jauh dari Wuhan, karena perdagangan hewan hidup jauh lebih banyak dan cenderung melibatkan lokasi-lokasi yang lebih dekat ke kota, misalnya, prefektur-prefektur di provinsi Hubei.

Serologi, pengambilan sampel, dan wawancara individu (misalnya, penjerat, pedagang, dan petani) yang terhubung dengan sumber satwa liar yang dijual di pasar Wuhan pada Oktober dan November 2019 akan menjadi langkah selanjutnya yang masuk akal dalam penyelidikan di masa depan.

Setelah berada di populasi manusia, SARSCoV-2 telah menjadi patogen baru yang menyebar dengan sangat cepat selama beberapa tahun. Berlawanan dengan harapan klasik untuk lompatan spesies inang, SARSCoV-2 sangat mampu menulari manusia, termasuk seringnya penularan dan amplifikasi tanpa gejala melalui peristiwa yang menyebar dengan supercepat.

"Keberhasilan" awal ini di setidaknya sebelum munculnya varian-varian yang menjadi kekhawatiran, tidak mungkin karena adaptasi awal manusia, tetapi bisa dikaitkan dengan sifat SARSCoV- yang relatif umum, yang dibuktikan dengan seringnya penularan ke mamalia: cerpelai, kucing, dan lain-lain.

Yang mengkhawatirkan, bukti eksperimental baru-baru ini telah menemukan bahwa sarbecovirus yang berasal dari trenggiling (mungkin diperoleh dari paparan kelelawar tapal kuda atau hewan lain yang terinfeksi setelah perdagangan ilegal ke China) juga bisa  menginfeksi sel manusia dan memiliki protein penusuk (spike protein) yang bahkan lebih baik dalam memfasilitasi jalur masuk ke dalam sel manusia dibandingkan dengan SARS-CoV-2.

Secara kolektif ini menunjukkan risiko lebih lanjut dari limpahan yang meluas ke anggota garis keturunan yang lebih berbeda dari mana SARS-CoV-2 muncul dan menyiratkan limpahan yang sering dari kelelawar hingga satwa liar rentan lainnya.

Manusia sekarang menjadi spesies inang SARS-CoV-2 yang dominan. Bahayanya, SARS-CoV-2 bisa menyebar dari manusia ke spesies hewan lain, yang disebut zoonosis terbalik (reverse zoonosis), seperti yang diduga terjadi pada rusa berekor putih di Amerika Serikat.

Infeksi dari berbagai spesies inang oleh sarbecovirus berarti limpahan SARSr-CoV dari satwa liar sangat mungkin terjadi di masa depan, dan vaksin saat ini mungkin tidak melindungi terhadap varian-varian baru.

Intensitas pengambilan sampel sarbecovirus perlu segera ditingkatkan untuk mendapatkan pemahaman yang lebih baik tentang risiko limpahan ini. Penemuan sarbecovirus baru-baru ini, yang tidak berbeda dengan SARS-CoV-2 dan tersebar di Asia Tenggara, menekankan urgensi pemantauan keragaman virus corona.

Umat manusia harus bekerja sama di luar batas negara untuk memperkuat pengawasan terhadap virus corona pada antarmuka manusia-hewan untuk meminimalkan ancaman dari varian yang sudah maupun sedang berkembang dengan menggunakan vaksin dan untuk menghentikan kejadian limpahan di masa depan.

Kepustakaan
1. Lytras, Spyros, et. al., The Animal Origin of SARS-CoV-2, Science, Vol. 373, Issue 6558, 27 August 2021, hlm. 968-970.
2. Diary Johan Japardi.
3. Berbagai sumber daring.

Jonggol, 2 September 2021

Johan Japardi