Pada tanggal 31 Desember 1799 VOC secara resmi dibubarkan dan kendali pemerintahan diambil alih oleh Pemerintah Kerajaan Belanda, status Banda Naira berubah menjadi Residen atau setingkat Kabupaten dan terus turun statusnya menjadi kecamatan ketika Indonesia merdeka.Â
Di awal abad 19  Banda Naira menjadi tempat pembuangan para pendiri  Bangsa oleh Belanda yang dianggap sebagai tahanan politik seperti Drs. Mohammad Hatta, Sutan Syahrir, dr. Cipto Mangunkusumo, Mr. Iwa Kusumasumantri, para Tokoh Sarekat Islam dan para pejuang bangsa dari berbagai daerah di Indonesia.
Secara administratif Kepulauan Banda Naira adalah salah satu kecamatan yang ada di bawah Pemerintahan Kabupaten Maluku Tengah -- Provinsi Maluku dengan ibu kota kecamatannya yaitu Neira, jumlah pulau dalam gugusan Kepulauan Banda yaitu sebanyak 10 pulau, 7 pulau yang berpenghuni (Neira, Banda Besar/ Lonthor, Ay, Run, Hatta/ Rosengain, Syahrir/ Pisang dan Gunung Api) serta 3 pulau yang tidak berpenghuni (Karaka, Nailaka, Manukang), dengan jumlah desa yaitu sebanyak 17 desa.Â
Luas Wilayah Kepulauan Banda  secara keseluruhan yaitu 2.568 Km2 dengan luas daratan 180,59 Km2 dan luas lautan 2.387, 41 Km2.  Namun luas Laut Banda secara keseluruhan dalam lingkup Pemerintahan Provinsi Maluku yaitu 470.000 Km2.  Jumlah penduduk di Kepulauan Banda yaitu 21.000 jiwa dengan mata pencaharian utama sebagai nelayan dan petani pala.
 Potensi Pariwisata
Di samping Sektor Kelautan dan Perikanan, Sektor Pariwisata juga memainkan peranan penting untuk peningkatan ekonomi masyarakat di Kepulauan Banda, setiap tahunnya tercatat ribuan wisatawan baik domestik maupun manca negara yang berkunjung ke Banda dengan berbagai tujuan baik itu untuk penelitian, napak tilas sejarah maupun untuk berlibur. Â
Kepulauan Banda menjanjikan banyak pilihan wisata serta tidak membosankan bagi pengunjungnya, ada beberapa pilihan seperti Wisata Bahari, Wisata Sejarah, Wisata Budaya, Wisata Agro, Wisata Kuliner, Wisata Religi dan lain-lain.
Wisata Bahari
Posisi laut Banda sangat strategis sebagai salah 1 Poros Maritim Indonesia, luas kawasan laut Banda yaitu sekitar 470.000 km2 dan berbatasan langsung dengan 3 provinsi yaitu Sulawesi Tenggara, Papua Barat, dan Maluku Utara. Â Dengan kedalaman palung laut lebih dari 7.000 meter memposisikan Laut Banda sebagai laut yang terdalam di Indonesia.
Kepulauan Banda memang terkenal dengan keindahan hayati alam bawah lautnya serta terumbu karang yang mempesona. Akibat letusan Gunung Api tahu 1988 telah merusak sebagian sisi terumbu karang Pulau Banda Besar. Namun menurut penelitian dari UNESCO, akibat fenomena ini justru pertumbuhan terumbu karang di tempat ini paling cepat didunia.Â
Jika di tempat lain, terumbu karang bisa membutuhkan waktu puluhan tahun untuk tumbuh dewasa, di Pulau Gunung Api hanya membutuhkan waktu tidak sampai sepuluh tahun.