Minyak nabati yang mengandung asam lemak bebas akan bereaksi dengan katalis basa homogen membentuk sabun dan air. Reaksi saponifikasi.
Kelemahan utama dalam reaksi ini adalah konsumsi katalis dan meningkatnya kesulitan dalam proses pemisahan, yang menyebabkan biaya produksi yang tinggi. Selain itu, pembentukan air dalam produk juga akan menghambat reaksi.
(c) Reaksi Samping 2 (Reaksi Hidrolisis)
Air yang dihasilkan baik dari minyak nabati maupun yang terbentuk selama reaksi saponifikasi akan menghidrolisis trigliserida untuk membentuk lebih banyak asam lemak bebas. .
 Faktor-Faktor yang Mempengaruhi Produksi Biodiesel dari Minyak Goreng Limbah
1. Kandungan air
Kandungan air dalam minyak jelantah akan mempercepat reaksi hidrolisis dan sekaligus mengurangi jumlah pembentukan ester [20]. Kadar air tidak harus selalu melebihi 0,5% untuk mendapatkan hasil biodiesel 90% dan itu lebih penting untuk reaksi katalis asam daripada reaksi katalis basa [49]. Ketika katalis asam digunakan untuk esterifikasi asam lemak bebas untuk membentuk ester, air diperoleh sebagai produk sampingan. Air secara alami akan menghambat reaksi katalis asam [8] dan juga keberadaannya dalam produk akan menurunkan efisiensi mesin. Dalam kebanyakan kasus, minyak jelantah dipanaskan terlebih dahulu hingga 120 C untuk menguapkan molekul air dan molekul air yang ada dalam produk dapat dihilangkan dengan menggunakan natrium sulfat anhidrat . atau magnesium sulfat anhidrat . Beberapa enzim memerlukan sejumlah air untuk aktif, yang lebih sedikit daripada jumlah monolayer molekul air di sekitar molekul enzim ; jika air yang ada dalam bahan baku melebihi batas ini, maka akan menurunkan konversi dengan menonaktifkan lipase ..
2. Asam lemak bebas
Minyak jelantah memiliki kandungan asam lemak bebas yang lebih tinggi dibandingkan minyak jelantah segar . Oleh karena itu, diketahui bahwa kandungan asam lemak bebas yang lebih tinggi akan menyebabkan pembentukan sabun dan air. Demikian pula, jika kandungan asam lemak bebas melebihi 3%, reaksi transesterifikasi tidak akan berlangsung bahkan dengan katalis basa homogen . Oleh karena itu masalah ini dapat diselesaikan dengan menggunakan katalis heterogen . dan juga pada pretreatment dengan katalis homogen asam atau katalis heterogen . untuk esterifikasi asam lemak bebas. membentuk ester asam lemak bebas. Biasanya, laju reaksi yang dikatalisis asam rendah dan diperlukan kondisi reaksi yang tinggi [10]. Sabun yang terbentuk saat menetralkan asam lemak bebas menggunakan katalis basa homogen dapat diubah kembali menjadi asam lemak bebas dengan menambahkan asam fosfat ke gliserol yang didekantasi dan campuran sabun yang diperoleh dari produk akhir
3. Â Jenis Alkohol
Dalam kebanyakan kasus, metanol digunakan untuk produksi biodiesel, karena pemulihan metanol dari produk akhir jauh lebih mudah [58]. Hasil biodiesel yang diperoleh dari minyak jelantah menggunakan metanol lebih tinggi dari alkohol lain (etanol, butanol) dan viskositas biodiesel yang diperoleh menggunakan metanol lebih rendah daripada biofuel yang diperoleh dari alkohol lain . Biaya metanol lebih rendah daripada alkohol lain, tetapi etanol kurang beracun daripada metanol  Etanol dapat diperoleh dari sumber terbarukan. Ketika etanol atau isopropanol digunakan akan membentuk azeotrop dengan air, yang pada gilirannya mempersulit pemisahan air dari alkohol selama proses distilasi [55]. Dalam beberapa kasus, i-butanol atau t-butanol ditambahkan sebagai pelarut ke dalam campuran reaksi untuk menghindari penghambatan lipase oleh metanol atau gliserol. Tapi di sebagian besar reaksi enzimatik, etanol digunakan sebagai pengganti methanol.
