Pengorganisasian dan koordinasi  baik vertikal maupun horizontal harus jelas, agar tidak terjadi tumpang tindih dalam pelaksanaan tugas. Termasuk siapa yang  menyediakan makanan? Rekanan/profesional/jasa catering, atau diserahkan kepada kelompok masyarakat setempat untuk mengelola? Siapa yang menjamin atau supervisi terkait keamanan, higyenitas, kandungan gizi dari menu makanan?, dst.
-Bagaimana (how)Â PMBG dilaksanakan? Bagaimana alur/mekanisme penyaluran, pelaporan dan pertanggungjawaban keuangan, bagaimana pengolahan makanannya, bagaimana distribusi makanannya, bagaimana cara mengukur indikator tujuannya, dst;
-Berapa banyak anggaran yang dibutuhkan (how much). Harus dihitung secara cermat dan teliti terkait jumlah sasaran, jumlah hari sekolah yang berbeda-beda, ada sekolah yang menerapkan 5 hari ada juga yang 6 hari, menentukan satuan harga yang tepat untuk menyajikan menu Beragam, Bergizi, Seimbang dan Aman (B2SA) yang memadai, sehingga dapat mendongkrak gizi siswa. Jangan lupa untuk menyediakan biaya operasional untuk pelaksanaan PMBG agar lancar dan tidak perlu "memotong" satuan harga makanan.
2. Pelaksanaan
Jika pelaksanaan diserahkan secara swakelola ke sekolah (sebagaimana Dana BOS), maka harus dibentuk Tim di tingkat Sekolah dan/atau Desa/Kelurahan sehingga dalam pelaksanaannya bukan sekolah yang sibuk mengolah/menyediakan makanan, sebab Kepala Sekolah dan guru harus fokus mengajar.Â
Tim di Tingkat Sekolah dapat melibatkan Kepala Desa, Kader PKK Desa, Kader Posyandu, Bidan Desa/Puskesmas dan lembaga kemasyarakatan lainnya jika diperlukan. Masing-masing berperan dan bertanggung jawab sesuai kompetensi dan kewenangannya, dan satu lagi semua pihak yang terlibat harus membuat Pakta Integritas. Hal ini untuk mencegah terjadinya kecurangan dalam pelaksanaan pengadaan makanan bergizi.
Jika dilaksanakan oleh penyedia/rekanan, dengan asumsi anggaran tidak ditransfer ke sekolah tetapi langsung dari Kementerian atau Dinas Pendidikan berkontrak dengan penyedia, maka PPK harus betul-betul mengawasi dan mengendalikan pelaksanaan pekerjaan penyediaan makanan bergizi ini, agar tidak terjadi kecurangan.Â
Lelang pengadaan harus dilakukan secara transparan, adil dan berintegritas mengingat nilainya yang sangat besar. Jika terjadi kolusi/supa Rp1000,00 saja per menu, jumlahnya sudah milayaran. Mitigasi risiko fraud/kecurangan harus betul-betul dirancang dan diimplementasikan agar dana PMBG tidak menjadi ladang baru korupsi.
Agar dalam pelaksanaan berjalan sesuai petunjuk teknis yang telah ditetapkan, perlu dilakukan pembinaan dan pengawasan secara berkelanjutan oleh Instansi pengawas mulai dari Ispektorat Jenderal masing-masing kementerian dan/atau bekerja sama dengan Inspektorat Daerah Provinsi/Kabupaten/Kota setempat.
3. Pelaporan dan evaluasi
Pelaporan atas pelaksanaan PMBG harus dilakukan secara berkala dan/atau insidentil oleh sekolah terlepas apakah sekolah nanti sebagai pelaksana swakelola ataupun sebagai penerima manfaat saja jika penyedianya adalah rekanan. Sekolah harus melaporkan secara berjenjang sesuai  kondisi yang sebenarnya, baik pelaporan administratif maupun realisasi fisiknya.Â
