Senyawa hasil degradasi dan sebagian energi tersebut digunakan untuk pembentukan sel baru dan sebagian energi dilepas berupa panas.
Selanjutnya terbentuk senyawa kompleks yang stabil berupa kompleks ligno protein sellulosa yang dinamakan humus.
Berdasarkan skema proses pengomposan, maka terlihat adanya peran mikroba, kondisi lingkungan (air, temperatur, oksigen/udara) serta komposisi bahan.Â
Pemahaman yang mendasar pada prinsip pengomposan merupakan hal mutlak diperlukan untuk menghasilkan mutu kompos yang berkualitas. Udara, air, nutrisi dan suhu secara bersama menghasilkan pengomposan yang baik.
Peran Mikroba. Mikroba yang digunakan sebagai organik dekomposer dalam proses pengomposan antara lain jenis bakteri, actinomycetes dan yeast.
Namun mengingat bahwa komponen utama sebagai sumber karbon dalam bahan kompos adalah sellulosa maka peran jenis mikroba pemecah sellulosa sangatlah besar.
Makin besar daya urai sellulosa mikroba, maka makin cepatlah proses pengomposan selesai. Beberapa jenis mikroba pemecah sellulosa yang dapat  digunakan antara lain Trichoderma sp, Cellulomonas sp, Bacillus sp, Clostridium sp, Actinomyces sp, Streptomyces sp. Sementara yeast Saccharomyces sp berfungsi untuk mengurai gula dalam blotong.
Kondisi lingkungan. Kondisi lingkungan tumbuh mikroba sangatlah berperan dalam mempercepat proses pengomposan.
Adapun beberapa faktor lingkungan yang berpengaruh adalah kadar air, oksigen dan temperatur.
Dekomposisi bahan oleh mikroba akan terjadi secara optimal pada kadar air 50 % - 60 %. Apabila kadar air berkurang dari 50 %, maka proses pengomposan akan berjalan lambat. Pada kadar air dibawah 30 % reaksi dekomposisi yang terjadi sangat lambat dan kurang dari 20 % akan menghentikan reaksi dekomposisinya.
Sebaliknya pada kadar air terlalu tinggi akan membuat bahan menjadi kompak dan mengurangi rongga udara sehingga membatasi akses oksigen/udara ke mikroba.
