Ketika Nommensen berusia sepuluh tahun, sebuah peristiwa besar terjadi. Tahun 1846 Nommensen mengalami kecelakaan yang serius.
Pada waktu ia bermain kejar-kejaran dengan temannya, tiba-tiba ia ditabrak oleh kereta berkuda. Kereta kuda itu menggilas kakinya sehingga patah. Terpaksa ia berbaring saja di tempat tidur berbulan-bulan lamanya.
Teman-temannya biasanya datang menceriterakan pelajaran dan cerita-cerita yang disampaikan guru di sekolah. Cerita-cerita itu adalah tentang pengalaman pendeta-pendeta yang pergi memberitakan Injil kepada banyak orang dan Nommensen sangat tertarik mendengar ceritera-ceritera itu.
Lukanya makin menjadi parah sehingga dia tidak dapat berjalan sama sekali. Sekalipun sakit, Nommensen belajar merajut kaos, menjahit dan menambal sendiri pakaiannya yang robek.
Nommensen tidak dapat berjalan karena cedera pada tulang keringnya tersebut.
Meski tidak bisa berjalan, Nommensen juga merasa bertanggung jawab menjaga adik-adik perempuannya karena Nommensen bisa menghabiskan banyak waktu berjam-jam di rumah bersama-sama dengan adik-adiknya; mengobrol dengan mereka, mengawasi mereka dan belajar meningkatkan kemampuan membaca dan menulisnya atau mengerjakan beberapa tugas aritmatika di rumahnya.
Karena cidera yang dialaminya, tampaknya hanya ada sedikit harapan bahwa dia tidak bisa berjalan lagi. Luka yang terbuka di salah satu tulang keringnya meradang dan bengkak parah. Sepotong tulang sudah patah membuat dia harus terbaring di tempat tidur.
Bantuan medis selama ini seolah-olah sia-sia. Kondisinya, bukannya membaik, malah semakin memburuk. Terkurung di tempat tidurnya, ia mulai membaca Alkitab karena itu adalah satu-satunya bahan cetak yang tersedia baginya di rumah.
Dalam penderitaannya semasa kecil ini, Nommensen menghabiskan banyak waktu untuk membaca Kitab Suci, ia secara khusus terpesona dan terinspirasi oleh keempat Injil dalam Perjanjian Baru.
Suatu hari sebelum Natal tahun 1847, ia menemukan kata-kata Yesus dalam Injil Yohanes 16:23b-24b, "Aku berkata kepadamu: Sesungguhnya segala sesuatu yang kamu minta kepada Bapa, akan diberikan-Nya kepadamu dalam nama-Ku....Mintalah maka kamu akan menerima, supaya penuhlah sukacitamu." Bagian itu menyentuhnya.
Dia merenungkannya. Dengan penuh semangat memanggil ibunya, dia berkata, "Ibu, dengarkanlah apa yang tertulis di sini." Dia membacakan kata-kata itu dengan keras kepada ibunya dan bertanya dengan sedih, "Apakah itu benar ibu? Apakah mukjizat masih terjadi hari ini padaku? Apakah aku akan sembuh?" Ibunya menjawab: "Ya, itu adalah Firman Tuhan!"
