Perusahaan penerbangan ini menurut beberapa sumber referensi yang saya dapatkan, didirikan oleh Pemerintah Indonesia melalui Peraturan Pemerintah nomor 19/1962 pada 6 September 1962, untuk mengemban tugas dan misi dari pemerintah sebagai jembatan udara nusantara.
Merpati awalnya dihadirkan sebagai maskapai komplemen dari Garuda untuk menjadi jembatan udara yang menghubungkan tempat-tempat terpencil di Kalimantan.
Dengan modal dasar Rp. 10 juta dan 6 unit pesawat hibah dari Angkatan Udara Republik Indonesia (AURI), armada pesawat Merpati terdiri dari de Havilland Otte DHC-3 sebanyak empat unit dan Dakota DC-3 dua unit.
Sebagian besar awak pesawatnya mulai dari pilot hingga teknisi juga berasal dari AURI, dengan dibantu beberapa personil dari Garuda Indonesia.
Secara keseluruhan di awal masa operasinya, Merpati hanya memiliki 17 personil yang dipimpin oleh Direktur Utama pertama-nya, Komodor Henk Sutoyo Adiputro.
Kemudian tak memerlukan waktu lama, Merpati mulai mengepakan sayapnya dengan jangkuan lebih luas lagi, setelah pada tahun 1964 Garuda menyerahkan kepemilikan sejumlah pesawat bekas maskapai asal Belanda yang beroperasi di Indonesia NV de Kroonduif.
Jadi pada saat itu, eks  maskapai penerbangan asal Belanda yang dinaungi secara operasional oleh Garuda Indonesian Airways ini rutin menerbangi rute-rute di kawasan timur Indonesia, mulai dari Sulawesi, Maluku, Nusa Tenggara, hingga Papua.
Lantaran Garuda tengah berkonsentrasi untuk menjadi maskapai flag carrier Indonesia yang cakupannya lebih internasional. melepas de Kroonduif pada Merpati.
Setelah itu, Merpati memiliki armada tambahan berupa tiga unit pesawat jenis Dakota DC-3, dua unit Twin Otter, dan satu unit jenis Beaver.
Dengan 13 armada pesawat, Merpati mulai tumbuh, penerbangannya mulai merambah ke hampir seluruh wilayah Indonesia, mulai dari Kalimantan, Jawa, Sulawesi, Sumatera, Nusa Tenggara Barat, sampai dengan Papua dulu Irian Jaya.
