a. Â SPP (Surat Permintaan Pembayaran)-Penampungan bernilai neto nihil, yang dibuat oleh Pejabat Pembuat Komitmen (PPK) pada Satuan Kerja, setelah menghitung sisa pekerjaan yang belum diselesaikan, atau perkiraan pekerjaan yang akan diselesaikan, diantara batas akhir pengajuan tagihan kepada negara sampai dengan akhir tahun anggaran yang menjadi dasar perhitungan pembayaran, termasuk porsi pekerjaan pemeliharaan. Pekerjaan LS Kontraktual tidak terbatas pada nilai kontrak, jadi nilai pekerjaan s.d. 50 juta juga menggunakan mekanisme RPATA, namun tidak termasuk kontrak yang dibiayai dari pendapatan BLU. Selanjutnya PPK menyampaikan SPP-Penampungan dan lampirannya kepada Pejabat Penandatangan Surat Perintah Membayar (PPSPM).
b. SPM (Surat Perintah Membayar)-Penampungan, diterbitkan oleh PPSPM berdasarkan SPP-Penampungan yang sudah diuji dan memenuhi persyaratan, untuk selanjutnya disampaikan ke KPPN dengan dilampiri fotokopi BAPP dan SPTJM (Surat Pernyataan Tanggung Jawab Mutlak) atas Pengajuan Pembayaran melalui RPATA, sesuai batas waktu pada pengaturan langkah-langkah akhir tahun anggaran (LLAT).
c. Â SP2D (Surat Perintah Pencairan Dana)-Penampungan, diterbitkan oleh KPPN setelah dilakukan pengujian SPM-Penampungan terhadap kesesuaian antara SPM-Penampungan dengan Kartu Pengawasan Kontrak, dan telah memenuhi persyaratan. Selanjutnya atas penerbitan SP2D-Penampungan tersebut, Direktorat Pengelolaan Kas Negara (PKN) selanjutnya memindahbukukan dana berdasarkan daftar rekapitulasi transaksi yang dihasilkan oleh sistem informasi dari RKUN/Rekening Lainnya milik BUN ke RPATA.
2. Â Pembayaran kepada Penyedia Barang/Jasa
Dalam rangka menjaga prinsip pembayaran dilakukan setelah barang/jasa diterima, pencairan dana dari RPATA untuk dipindahbukukan ke rekening Penyedia dilakukan pada saat Penyedia berhak menerima pembayaran berdasarkan prestasi pekerjaan yang telah diselesaikan, melalui pengajuan SPP/SPM-Pembayaran.
Persyaratan pembayaran kepada Penyedia yaitu dilakukan pada saat pekerjaan terselesaikan 100%, masa penyelesaian pekerjaan di kontrak berakhir, atau masa pemberian kesempatan penyelesaian pekerjaan berakhir.
Pembayaran dilakukan dengan pembuatan dan penyampaian:
a. Â SPP-Pembayaran, yang dibuat oleh PPK berdasarkan BAPP/BAST atas kemajuan pekerjaan setelah dilakukan penilaian atas penyelesaian pekerjaan yang dilakukan oleh penyedia. Selanjutnya PPK menyampaikan SPP-Pembayaran kepada PPSPM dengan kelengkapannya.
b. Â SPM-Pembayaran, diterbitkan oleh PPSPM setelah dilakukan pengujian formal atas SPP-Pembayaran dan telah memenuhi persyaratan, untuk selanjutnya disampaikan kepada KPPN dengan dilampiri fotokopi BAPP/BAST, fotokopi jaminan pemeliharaan yang telah disahkan PPK apabila pekerjaan mensyaratkan masa pemeliharaan, dan SPTJM atas pembayaran dana kepada rekening Penyedia.
c.  SP2D-Pembayaran, diterbitkan oleh Direktorat PKN selaku Kuasa BUN Pusat berdasarkan Surat Persetujuan Pembayaran Tagihan (SPPT) yang diterbitkan KPPN, setelah KPPN melakukan pengujian formal atas SPM-Pembayaran dan telah memenuhi persyaratan. Selanjutnya Direktorat PKN menyediakan dana (dropping) dari RKUN (Rekening Kas Umum Negara) ke RPKBUNP (Rekening Pengeluaran Kuasa Bendahara Umum Negara Pusat) berdasarkan daftar rekapitulasi  yang dihasilkan oleh sistem informasi.
3. Â Penihilan RPATA atas Pekerjaan yang Tidak Terselesaikan