Di bagian atas pesawat yang tampak seperti punuk adalah "Ray Dome" yang merupakan tempat untuk antena-antena dan  peralatan komunikasi  sekitar 67 satelit yang berbeda dalam sebuah sistem yang canggih dan kompleks. Alat-alat komunikasi di dalam pesawat juga mampu bertahan terhadap gelombang EMP (Electro Magnetic Pulse) akibat ledakan nuklir.
Salah satu hal yang unik dalam pesawat ini adalah alat komunikasi dan sistem yang digunakan masih menggunakan sistem analog dan bukan digital, jadi belum terdapat sistem  layar sentuh  di pesawat ini.
Digunakannya sistem analog memang mengesankan kuno namun ketika terjadi gelombang EMP akibat ledakan nuklir semua sistem digital tidak dapat berfungsi yang dapat menyebabkan sistem komunikasi macet dan terhenti. Sistem analog  mampu bertahan terhadap gelombang EMP akibat ledakan nuklir.
Menurut sejumlah informasi E--4B memiliki sistem dan jaringan komunikasi yang lebih kompleks dari Air Force One . Awak pesawat E-4B bisa berkomunikasi dengan siapapun dan dimanapun termasuk dengan awak kapal selam di kedalaman samudera.
Salah satu fitur terpenting dari modifikasi pesawat Boeing 747  E-4B ini adalah kemampuannya untuk melakukan pengisian bahan bakar di udara yang menjadikan jangkauannya secara teknis tidak terbatas dan bisa berada di udara dalam jangka waktu yang panjang bila diperlukan.
3. Bagian-bagian pesawat E-4B Nightwatch
Pesawat E-4B yang juga memiliki julukan "Flying war room" atau Pentagon terbang terdiri atas 3 deck dan dapat menampung crew hingga 112 orang. The flight deck adalah tempat untuk pilot, co-pilot dan teknisi penerbangan serta tempat khusus utuk navigator penerbangan. Tempat istirahat awak pesawat juga terdapat di flight deck ini
Deck di bagian tengah terdiri atas ruang konferensi  (conference room) yang merupakan area aman untuk konferensi dan briefing. Di bagian ini, terdapat meja konferensi untuk 9 orang. Di ruang konferensi ini Presiden AS, Kepala Staff Gabungan dan Sekretaris pertahanan bisa memberikan perintah militer dalam situasi peperangan.
Di bagian tengah pesawat terdapat ruangan yang dinamakan "Battle Staff Area", di tempat ini para perwira dari setiap cabang militer akan menyusun strategi jika terjadi krisis. Lalu semua komunikasi keluar terjadi di bagian belakang pesawat di area yang dinamakan  "Comm and Technical Control". Dari tempat ini, para operator dapat berkomunikasi  dengan siapapun di seluruh dunia, dalam situasi apapun.
4. Pesawat militer dengan biaya operasional termahal
