Selanjutnya mekanisme pengajuan restitusi PPN dapat diajukan permohonan pengembalian pada akhir tahun buku, melalui mekanisme sebagai berikut :
- Mengajukan permohonan restitusi PPN dengan cara mengisi SPT Masa PPN dengan membubuhkan tanda silang pada kolom "Dikembalikan" (restitusi). Jika kolom"Dikembalikan" (restitusi) pada SPT Masa PPN tidak diisi, maka PKP bisa mengajukan surat permohonan secara terpisah.
PKP dapat mengajukan permohonan restitusi PPN ke DJP melalui Kantor Pelayanan Pajak (KPP) tempat PKP dikukuhkan.
- Setelah dilakukan pengecekan, DJP akan menerbitkan SKPLB.
- SKPLB diterbitkan oleh DJP paling lambat 12 bulan sejak surat permohonan disampaikan dan diterima secara lengkap, kecuali terdapat kondisi tertentu yang sudah ditetapkan berdasarkan keputusan DJP.
- Apabila dalam jangka waktu 12 bulan sejak permohonan restitusi PPN DJP belum memberikan keputusan, maka permohonan restitusi PPN dianggap dikabulkan dan SKPLB tersebut akan diterbitkan dalam waktu paling telat 1 bulan setelah jangka waktunya berakhir.
Peraturan Menteri Keuangan mengatur tentang restusi terdapat di dalam PMK 71/PMK 03/2010, peraturan ini sejalan dengan Pasal 9 (4C) UU PPN. Lalu ada PMK 74/PMK-03/2012 yang sejajar dengan Pasal 9 (4C) UU PPN dan PMK 198/PMK/2013 sesuai dengan Pasal 17 D UU KUP. Kemudian, baru-baru ini Menteri Keuangan menerbitkan PMK 39/PMK.03/2018 tentang Tata Cara Pengembalian Pendahuluan Kelebihan Pembayaran Pajak, singkatnya peraturan ini dikeluarkan untuk mengatur tentang restitusi dipercepat. Â Latar belakangnya diterbitkannya PMK 39/2018 karena, rata-rata waktu penyelesaian waktu restitusi adalah sekitar 10 (sepuluh) bulan, sehingga laporan EoDB World Bank, Indonesia berada di peringkat 72 sehubugan dengan urusan kemudahan pajak.
Tujuan sebenarnya kebijakan ini adalah komitmen pemerintah untuk mendorong investasi dan membantu pembiayaan usaha melalui percepatan pengembaliaan PPN termasuk bagi Usaha Kecil Menengah (UKM). Selain itu kebijakan ini juga bertujuan mendorong atau menstimulus pertumbuhan kegiatan usaha, keberlangsungan usaha serta kemudahan dalam berusaha bagi Wajib Pajak (WP) dan Pengusaha Kena Pajak (PKP). Tujuan lainnya yang diinginkan oleh DJP adalah memperbaiki peringkat EoDB Indonesia.
Dalam Peraturan ini memiliki semangat untuk menyederhanakan atau melakukan percepatan pemberian restitusi yang dilakukan tanpa pemeriksaan melainkan hanya melalui proses penelitian yang sederhana. Sementara restitusi dipercepat diberikan kepada Wajib Pajak yang memiliki kriteria tertentu (Wajib Pajak Patuh), Wajib Pajak yang memenuhi persyaratan tertentu (nilai restitusi yang kecil) dan PKP yang beresiko rendah sebagaimana diatur dalam Pasal 9 (4) UU PPN. Akan tetapi Wajib Pajak dengan kriteria tertentu dan PKP Beresiko rendah harus terlebih dahulu ditetapkan oleh Dirjen Pajak secara Jabatan atau berdasarkan permohonan dari Wajib Pajak itu sendiri untuk ditetapkan sebagai Wajib Pajak dengan kriteria tertentu dan PKP Beresiko rendah. Penetapan ini berlaku sampai dengan dicabut oleh Dirjen Pajak. Jika diuraikan maksud Wajib Pajak dengan kriteria tertentu atau WP Patuh, harus memenuhi kriteria sebagai berikut :
- Tepat   waktu  dalam menyampaikan atau melaporkan SPT.
- Tidak ada tunggakan pajak
- Laporan Keuangan telah diaudit oleh Kantor Akuntan Publik dan mendapat opini Wajar Tanpa Pengecualian (WTP) Â dalam kurun waktu 3 tahun berturut-turut.
- Tidak dipidana dibidang perpajakan dalam kurun waktu 5 (lima) tahun terakhir.
Kemudian kriteria Wajib Pajak yang memenuhi persyaratan tertentu dengan nilai restitusi kecil, adalah:
- Wajib Pajak Orang Pribadi Karyawan tanpa batasan nilai restitusi PPh.
- Wajib Pajak Orang Pribadi Pengusaha atau profesi dengan nilai restitusi PPh maksimal yang diajukan restitusi paling banyak Rp100.000.000.
- Wajib Pajak Badan dengan nilai restitusi PPh maksimal Rp1.000.000.000.
- Pengusaha Kena Pajak dengan nilai restitusi PPN Maksimal Rp1.000.000.000. Namun kini melalui perubahan kedua dari PMK 39/PMK.03/2018 yaitu PMK 209/PMK.03/2021, batasan nilai restusi PPN menjadi Rp5.000.000.000.
Selanjutnya kriteria PKP beresiko rendah atau PKP tertentu dengan kegiatan usaha tertentu yang memiliki kriteria sebagai berikut :
- Perusahaan Terbuka (Go Public)
- Badan Usaha Milik Negara (BUMN)/ Badan Usaha Milik Daerah (BUMD).
- Eksportir mitra utama ke pabeanan (MITA).
- Eksportir operator ekonomi bersertifikat (Authorized Economic Operator).
- Pabrikan atau Produsen lainya.
- PKP dengan nilai restitusi maksimal Rp 5 miliar dan melakukan :
- Kegiatan Ekspor
- Kegiatan Transaksi kepada pemungut PPN (BUMN/Bendahawan Pemerintah) dan atau
- Kegiatan Penyerahan yang PPN nya tidak dipungut (misalnya di Kawasan Berikat).
Kemudian restitusi akan diberikan jika sudah memenuhi persyaratan (kepatuhan kewajiban perpajakan) dan sesuai hasil penelitian Wajib Pajak dan Pengusaha Kena Pajak (PKP) termasuk yang dapat diberikan dengan pengembalian pendahuluan. Sedangkan untuk Jangka Waktu Restitusinya sendiri adalah sebagai berikut:
Untuk WP dengan Kriteria Tertentu ( WP Patuh):
- Untuk jenis Pajak - PPh 3 bulan.
- Untuk jenis Pajak - PPN 1 bulan.