Seminari pertama yang dibuka di Flores adalah seminari St. Yohanes Brekhmans. Seminari yang saat ini terletak di Todabelu-Mataloko, Kabupaten Ngada ini, pada awalnya didirikan di Kabupaten Sikka-Maumere (Lela), pada tanggal 2 Februari 1926, yang diprakarsai oleh Mgr. Vestraelen, SVD. Dari Maumere, seminari ini pindah ke Mataloko dan diresmikan pada tanggal 15 September 1929.
Seminari ini sempat mengalami krisis besar pada saat Perang Dunia II. Banyak pastor yang diinternir dan dideportasi. Saat itu dua Uskup Jepang, Mgr. Paulus Yamaguchi dan Mgr. Aloysisus Ogihara SJ, bersama dua orang pastor Jepang lainnya datang untuk membantu. Setelah terjadinya perang, seminari mulai menyesuaikan diri dengan kurikulum pemerintah dan beberapa aspek pembinaan tambahan yang dikhususkan untuk pendidikan calon pastor.
5 S Pilar Pendidikan Holistik
Apa saja aspek-aspek pendidikan yang dikembangkan di seminari-seminari sejak zaman kolonial hingga saat ini? Ada 5 pilar pendidikan yang dilaksanakan di seminari sebagai nilai inti pendidikan, yang dikenal dengan istilah 5 S (Sanctitas, Sanitas, Scientia, Sapientia dan Socialitas). Berikut ini adalah penerapan 5 S di seminari yang bisa dikembangkan untuk pendidikan nasional di negara kita.
SANCTITAS (Kerohanian)
Pendampingan Sanctitas itu berkaitan dengan berbagai pembinaan rohani seminaris. Para seminaris diarahkan untuk senantiasa bersatu dengan Tuhan sehingga memiliki iman yang teguh kepada-Nya yang dapat diwujudkan melalui tingkah laku hidup sehari-hari.
Bentuk pembinaan yang diadakan di seminari berkaitan dengan aspek sancititas antara lain, bacaan Kitab Suci, refleksi, ekaristi, doa pribadi, ibadat, latihan koor dan lain-lain.
Hal ini bisa dikembangkan untuk pendidikan kita saat ini. Mewujudkan manusia yang beriman dan bertakwa kepada Tuhan yang Maha Esa, hendaknya menjadi prioritas utama dalam pendidikan kita.
Namun yang perlu diperhatikan bahwa pembinaan rohani tidak sampai mengarahkan seorang siswa untuk bersifat radikal dan hanya terbuka dengan hal yang sesuai dengan keyakinannya.
Karena itu latihan-latihan rohani yang dikembangkan di seminari diimbangi pula dengan pendidikan religiositas untuk mempelajari dan membuka cakrawala berpikir para seminaris dengan sesama yang beryakinan lain. Dengan mengenal maka kita mencitai. Dan cinta adalah wujud dari iman, karena iman tanpa perbuatan adalah mati.
SANITAS (Kesehatan)
Pendampingan sanitas berkaitan dengan kesehatan jiwa raga seminaris. Hal ini dimaksudkan untuk membantu para siswa merawat kesehatan fisik dan mentalnya, sehingga dapat berkembang maksimal menjadi pribadi yang seimbang dan matang. Pepatah Latin mengatakan Mens Sana in Corpore Sano (dalam tubuh yang sehat terdapat jiwa yang sehat).