Mulai tahun 58 M, Seneca  mulai terpengaruh oleh intrik istana. Tuduhan terhadapnya untuk pengayaan gelap hampir menjadi akhir hidupnya, meskipun pada kesempatan ini ia berhasil membela diri. Pada tahun 62 M, Seneca meminta izin kepada Nero untuk pensiun ke kehidupan pribadi dan menawarinya pengembalian semua aset yang telah diberikan kepadanya selama bertahun-tahun mengabdi kepada kaisar, tetapi dia ditolak. Namun, Seneca  semakin menjauh dari lingkaran kekuasaan dengan alasan kesehatannya yang buruk dan dedikasinya pada filsafat.
Antara 62 dan 65, tahun kematiannya, Seneca  menulis Pertanyaan Alam,  sebuah karya yang dibagi menjadi tujuh buku di mana penyelidikan komprehensif fenomena alam diusulkan. Di dalamnya Seneca  berurusan dengan api, badai, air dan awan terestrial, angin dan gempa bumi, serta asal mula pelangi. Selain itu, Seneca  menulis risalah On Providence, di mana pertanyaan tentang alasan mengapa keberuntungan biasanya menyertai orang jahat dan meninggalkan jenisnya dibahas.
Pada saat terakhir hidupnya Seneca   mengerjakan Surat-surat yang disebutkan di atas yang ditujukan kepada Lucilius, sebuah epistolary yang belum pernah terjadi sebelumnya dalam literatur filosofis di mana banyak masalah yang berkaitan dengan moralitas dibahas dan di mana ada ruang untuk kritik, selalu terselubung tetapi ulet, dari murid yang berubah menjadi tiran.
Konspirasi Calpurnius Piso melawan Nero, yang diketahui Seneca tetapi mungkin tidak ia ikuti, memicu kemarahan kaisar, yang memerintahkannya untuk bunuh diri. Seperti yang dikatakan Tacitus dengan ahlinya, Seneca mengakhiri hidupnya sendiri setelah memotong pembuluh darah di lengan dan kakinya. Karena ini tidak cukup untuk mati, penasihat kerajaan  perlu meminum racun yang tidak berguna dan mandi air panas yang uapnya akhirnya mencekiknya.
Tentang Stoicisme Seneca; Terlepas dari eklektisismenya, ada konsensus di antara para sarjana dalam mempertimbangkan filsuf Cordovan sebagai penulis Stoa. Dia sendiri selalu menganggap dirinya seperti itu. Sekarang, ketika kita berbicara tentang Stoicisme, dan menentukan apa yang kita maksud dengan aliran pemikiran ini di zaman Romawi dan, lebih khusus lagi, di zaman Seneca.
Stoicisme mungkin adalah aliran filsafat paling berpengaruh di Roma pada akhir periode republik dan awal kekaisaran. Kontribusinya terhadap budaya Romawi hanya menurun dengan munculnya NeoPlaton nisme dan, kemudian, filsafat Kristen. Pendiri Stoicisme, Zeno dari Citium, memberikan kuliah sambil berjalan melalui Portico Pisianakte, kemudian dihiasi dengan lukisan Polygnotus.
Di sana, banyak yang tertarik dengan filsafat berkumpul untuk mendengarkannya, dan mereka mulai disebut Zenonik, dan doktrin mereka adalah stoa, Â istilah yang dalam bahasa Yunani digunakan untuk menyebut galeri dengan kolom. Ini adalah asal kata tabah, yang memberi nama sekolah itu.
Zeno menjelaskan realitas dari dua prinsip, yang satu aktif dan yang lainnya pasif. Yang pertama, alasan atau logos ilahi, adalah abadi dan asal dari segala sesuatu; yang kedua adalah materi, di mana yang pertama bertindak. Dapat dikatakan  prinsip-prinsip ini adalah dua sisi dari mata uang yang sama, tetapi logos, yang merupakan prinsip panduan yang diidentifikasikan oleh orang-orang Stoa dengan api, memiliki prioritas mutlak. Bagi aliran ini, realitas tersusun dari badan-badan material dan tersusun secara rasional. Faktanya, logika bagi mereka yang memberikan kriteria kebenaran.
Pengetahuan sejati tidak didasarkan pada sensasi belaka, tetapi pada persetujuan, yaitu tindakan yang memberikan objektivitas pada persepsi kita. Kita tahu  sesuatu itu benar ketika kita menyetujui representasi (phantasai) berasal dari persepsi tersebut. Representasi sebenarnya adalah kasih sayang (pathe) yang terjadi di dalam jiwa (kita akan mengatakannya di dalam pikiran). Memberi atau tidak persetujuan kami merupakan bagi Stoa, tindakan nyata dari kehendak hegemonikon kami,  yang merupakan organ jiwa yang memungkinkan kami melakukan operasi ini.
Sesuai dengan hal di atas, seorang Stoa akan mengatakan tidak diberikan kepada kita untuk mencegah kesan yang terkait dengan pengkhianatan seorang teman, penghinaan pribadi atau kematian orang yang dicintai agar tidak mencapai kita, tetapi terserah kita untuk menjadi pendendam, marah atau sedih dengan memberi mereka persetujuan kita.  Untuk semua alasan ini, tidak mengherankan  dalam Stoicisme konsep kehendak dikembangkan.
