Indonesia mempunyai keanekaragaman ekosistem yang terdiri dari ekosistem alami dan ekosistem buatan. Keanekaragaman ekosistem Indonesia dibagi menjadi 19 tipe ekosistem alami yang tersebar di berbagai wilayah mulai dari Sumatera sampai ke Papua. Pada ke 19 tipe ekosistem ini terbagi menjadi 74 tipe vegetasi yang tersebar hampir pada seluruh 7 Bioregion yang ada di Indonesia. Variasi tersebut menunjukkan bahwa setiap ekosistem kaya akan kekayaan jumlah jenis flora dan fauna.
Keanekaragaman species di Indonesia terbagi menjadi dua yaitu Biota Laut dan Biota Terestrial. Biota Laut terdiri atas lebih dari 5000 lebih fauna laut, 971 algae, 143 flora, dan 406 mikroba.
Sedangkan keanekaragaman Biota Terestrial terdiri atas 720 mamalia, 1605 burung, 385 ampibi, 723 rptil, 1248 ikan, 5170 moluska, 90 nematoda, 7000 lebih anthropoda, 86000 jamur, 595 lichen, 949 lumut, 2197 paku, dan 40 ribu lebih spermatophyta, dan 401 mikroba.
Keanekaragaman gen sebanding dengan keanekaragaman spesies. Keanekaragaman gen saat ini menjadi tumpuan industri pertanian dan industri obat-obatan yang hingga kini sudah menghasilkan berbagai jenis obat dan varietas tanaman mulai dari tebu, buah, kentang, padi, jagung hingga hewan ternak. Sehingga keanekaragaman genetika menjadi bagian dari sumber daya kesehatan dan ketahanan pangan dari suatu negara, termasuk Indonesia. Kehilangan sumberdaya genetika akan mengancam kehidupan manusia dan sendi-sendi kehidupan makluk lain.
Dari sisi keanekaragaman enemik, keunikan geologi dan ekosistem Indonesia menyebabkan tingginya endemisitas fauna, flora, dan mikroba. Indonesia memiliki endemisitas jenis fauna yang sangat tinggi bahkan untuk beberapa kelompok seperti burung, mamalia dan reptil, memiliki endemisitas tertinggi di dunia.
Fauna endemis Indonesia berjumlah masing-masing 270 jenis mamalia, 386 jenis burung, 328 jenis reptil, 204 jenis amphibia, dan 280 jenis ikan. Setiap kelompok takson pada masing- masing pulau di Indonesia menunjukkan angka tingkat endemisitas yang berbeda
Tingkat endemisitas flora Indonesia tercatat antara 40--50% dari total jenis flora pada setiap pulau kecuali pulau Sumatra yang endemisitasnya diperkirakan hanya 23%. Hasil analisis biografi mamalia kecil menunjukkan bahwa pulau-pulau kecil ternyata memiliki tingkat endemistas yang sangat tinggi seperti yang ada pada Pulau Flores, Enggano, dan Mentawai.
Untuk menjadikan kekayaan keanekaragaman hayati di atas menjadi kekuatan ekonomi sekaligus lokomotif perekomian, maka Indonesia selain berupaya dengan :
1. Langkah pertama di atas yaitu dengan melakukan inventarisasi keanekaragaman hayati, juga dilakukan,
2. Langkah kedua yaitu menggali manfaat setiap species itu sebagai komoditas pangan, bahan obat, menambang CO2, mereduksi polusi, bahan baku energi, bahan pengganti plastik, dan komponen elektronik berbasis materi biologi.Â
3. Langkah ketiga melakukan pengurutan gnom terhadap semua species yang ada terutama species ndemik.Â
