Ada Beberapa dampak negatif dari Pemekaran Wilayah:
(a) pemekaran menciptakan perluasan struktur yang mengakibatkan beban berat biaya .
(b) Kesamaan karakteristik sosial budaya dan historis masyarakat merupakan komitmen mayoritas warga, aspek politik selalu mengedepankannya.
(c) Rendahnya kapasitas fiskal yang menyebabkan pemerintah daerah berupaya meningkatkan pendapatan dengan berbagai cara yang justru merugikan masyarakat dan berakibat terhadap munculnya kesenjangan.
(d) Pertambahan jumlah pemerintah daerah secara simultan meningkatkan belanja dalam APBN dan ini membebani pemerintah pusat.
Pemekaran wilayah pada dasarnya bertujuan untuk lebih mendekatkan jarak antara pemerintah sebagai pelaksana pelayanan publik dengan masyarakat sebagai penerima pelayanan. Pemekaran wilayah juga bertujuan untuk menjadikan pelayanan publik bisa menjadi lebih efektif dan efisien.Â
Namun yang sebenarnya yang menjadi tujuan utama dari pemekaran wilayah adalah meningkatkan kesejahteraan masyarakat di wilayah yang dimekarkan.
Ironisnya, tidak sedikit yang terjadi pada wilayah yang baru dimekarkan justru beberapa fungsi pelayanan public tidak berjalan sebagaimana yang diharapkan.
Hal tersebut disebabkan oleh beberapa hal diantaranya kesiapan dari aparatur yang ditempatkan diwilayah yang baru dimekarkan itu.Â
Salah satu masalah utama yang sering ditemui di wilayah-wilayah yang baru dimekarkan biasanya adalah kendala dalam mengisi struktur-struktur pemerintahan yang berfungsi melakukan pelayanan publik. Hal ini jelas berdampak pada penyelenggaraan pelayanan publik.
Ternyata Pemekaran Propnsi Papua dilakukan dalam beberapa tahap.
Mengingat luasnya wilayah Papua ini, pemerintah pusat berkoordinasi dengan Pemerintah Provinsi Papua dan Pemerintah Kabupaten Jayawijaya.
Pertama dimulai dengan pemekaran desa, pemekaran kecamatan dan pemekaran kabupaten. Berdasarkan Undang-Undang Nomor 21 Tahun 2001 dengan diberlakukannya Otonomi Khusus di Papua, maka khusus di Provinsi Papua (dan kemudian juga di Provinsi Papua Barat), istilah kecamatan diganti menjadi distrik dan desa menjadi kampung.
Pemekaran Kabupaten dilakukan mulai tahun 2002 melalui Undang-Undang Nomor 26 Tahun 2002 dengan membentuk tiga kabupaten baru yaitu, Kabupaten Tolikara dengan ibu kota Karubaga, Kabupaten Pegunungan Bintang dengan ibu kota Oksibil dan Kabupaten Yahukimo dengan ibu kota Dekai. Sementara Kabupaten Jayawijaya sebagai kabupaten induk tetap beribu kota di Wamena di Lembah Balim.
