- Diperlukan pengawasan yang ketat terhadap proses peradilan di MSA untuk memastikan transparansi, akuntabilitas, dan independensi lembaga tersebut. Keterbukaan informasi dan partisipasi publik dalam proses peradilan juga menjadi kunci untuk membangun kepercayaan masyarakat terhadap sistem peradilan syariah.
- Tantangan lainnya adalah adanya perbedaan pemahaman dan interpretasi terhadap hukum syariah di antara para hakim dan pihak-pihak yang terlibat dalam proses peradilan. Penting untuk memastikan bahwa putusan-putusan yang diambil oleh MSA didasarkan pada pemahaman yang akurat dan konsisten terhadap hukum syariah.
Pelaksanaan Wewenang Mahkamah Syar'iyah yang menyangkut seluruh Wewenang Peradilan Agama
UU Pemerintahan Aceh memberi kewenangan untuk membentuk Mahkamah Syar'iyah sebagai badan peradilan yang akan melaksanakan syari'at Islam. Dalam rangka penyelenggaraan otonomi khusus dan keistimewaan di bidang kehidupan beragama (Syariat Islam) Pemerintah Provinsi Aceh telah membentuk beberapa lembaga pendukung seperti Dinas Syari'at Islam, Wilayatul Hisbah dan beberapa lembaga lain terkait dengan pelaksanaan syari'at Islam. Pemerintah Aceh juga mengesahkan beberapa Peraturan Daerah/Qanun terkait dengan pelaksanaan wewenang Mahkamah Syar'iyah. Adapun hukum materil dalam bidang mu'amalah (perdata pada umumnya) yang telah ditetapkan pula menjadi kewenangan Mahkamah Syar'iyah, sampai saat ini belum disusun qanunnya. Oleh karena itu kewenangan di bidang tersebut belum dapat dilaksanakan, kecuali beberapa perkara perdata yang sejak dulu telah menjadi kewenangan Pengadilan Agama, seperti masalah wakaf, hibah, wasiat dan sadaqah.
Pelaksanaan Wewenang Mahkamah Syar'iyah yang menyangkut Sebagian Wewenang Peradilan Umum
Sampai saat ini baru ada 5 (lima) qanun hukum materil yang berkaitan dengan kewenangan Mahkamah Syar'iyah di bidang pidana (jinayah), yaitu:
1) Qanun Nomor 11 Tahun 2002 tentang Pelaksanaan Syari'ah Islam bidang' Aqidah, Ibadah dan Syiar Islam. Dalam Qanun ini ada lima macam perbuatan yang dipandang sebagai jarimah (tindak pidana) yakni:
a) Penyebaran paham atau aliran sesat (bidang 'aqidah).
b) Tidak shalat jum'at tiga kali berturut-turut tanpa "uzur syar'i" (bidang ibadah).
c) Menyediakan fasilitas/peluang kepada orang Muslim yang tanpa 'uzur untuk tidak berpuasa (bidang ibadah).
d) Makan dan atau minum di tempat umum pada siang hari Ramadhan (bidang ibadah).