Di sekolah, Ali dikucilkan oleh teman-temannya karena ibu ali, Rika berpindah agama. Ali sempat menjauhi diri dari ibunya, karena menurut Ali semua ini terjadi akibat pilihan ibunya.
Surya, merupakan karakter yang ada dalam konflik rumah tangga Rika. Surya merupakan seorang dengan impian menjadi aktor terkenal, namun selama ini ia hanya pernah menjadi karakter latar belakang dalam drama atau serial televisi. Hingga akhirnya, Rika menawarkan Surya untuk memerankan tokoh “Yesus” dalam drama Penyaliban Yesus, di gereja yang biasa Rika kunjungi untuk bersembahyang.
Pada awalnya, Surya menolak, karena ia takut sebagai seorang muslim dan memerankan tokoh “Yesus”, akan mencemari nama baik agamanya, dan dia menganggapnya sebagai suatu tindakan yang menentang ajaran agama Islam. Setelah sekian lama, Surya pergi untuk mencari pencerahan dari ustadz yang biasa mengajar di masjid tempat tinggal mereka. Setelah mendapatkan pendapat dan tanggapan dari ustadz, akhirnya Surya memutuskan untuk mengambil kesempatan tersebut.
Disisi lain, ada pula konflik dari keluarga Hendra. Hendra dan keluarganya merupakan keluarga dengan keturunan ras Tionghoa. Kedua orangtua Hendra, Tan Kat Sun (ayah) dan Lim Giok Lie (ibu), mengelola sebuah tempat makan Canton yang sangat menghormati dan mengedepankan toleransi. Mereka berkomitmen untuk menjaga makanan mereka halal, membedakan alat masak berdasarkan makanan agar semua orang dapat datang dan menikmati hidangan mereka.
Ayah Hendra memang sudah sejak lama dalam kondisi kesehatan yang cukup buruk, sehingga beliau mengharapkan Hendra dapat meneruskan usaha keluarga mereka. Pada awalnya Hendra tidak mau, dikarenakan sikap dingin, tak acuh, dan tidak peduli nya kepada kedua orang tuanya. Namun, pada akhirnya Hendra setuju untuk melanjutkan usaha kecil keluarga nya.
Awalnya, Hendra melakukannya seperti biasa, menghormati dan melayani pelanggan mereka seperti ayahnya. Membedakan talenan yang digunakan untuk memotong protein, membedakan kuali saat memasak, membedakan tirisan saat menggoreng, dan sebagainya.
Hingga tiba bulan puasa, dimana saudara-saudari kami yang beragama Islam, diwajibkan untuk berpuasa. Tirai-tirai dipasang di depan tempat makan mereka, dalam rangka menghormati mereka yang sedang menahan nafsu dan godaan.
Hendra menyadari bahwa tidak banyak pengunjung yang datang untuk makan di restoran keluarganya, Hendra hanya memikirkan tentang untung atau rugi suatu bisnis dan mementingkan uang dibanding rasa toleransi atau penghargaan. Sehingga dengan kepala panas, Hendra seketika mencabut seluruh tirai di depan toko dan menyuruh pekerja yang kerja di restoran nya untuk kembali beroperasi pada hari kedua lebaran, di mana sewajarnya pegawai-pegawai mereka masih berlibur dan meluangkan waktu bersama keluarga mereka.
Keluarga ketiga yang ditunjukan di film Tanda Tanya, adalah rumah tangga Menuk. Menuk merupakan salah satu pegawai di restoran milik keluarga Hendra, Menuk memiliki 2 orang anak yang ia cintai, serta seorang suami. Namun sangat disayangkan, suami Menuk merupakan seorang pengangguran, dengan pekerjaan berganti-ganti dan tidak menetap.
Suami Menuk atau biasa dipanggil Soleh, juga merupakan pribadi yang tempramental, sehingga seringkali ia terbawa oleh emosinya. Suatu hari, Soleh merasa rendah diri, melihat Menuk sebatang kara mencoba untuk menafkahi keluarga mereka, Soleh meminta untuk bercerai. Hati Menuk pun hancur, mendengar perkataan-perkataan dari suaminya sendiri.
Kembali pada waktu puasa dan lebaran, dimana restoran milik keluarga Hendra masih beroperasi, hal ini membuat ayah Hendra geram atas perbuatannya yang sangat tidak pantas. Sejak dahulu, tempat makan mereka memang dikenal sebagai tempat yang sangat mengutamakan toleransi, sehingga masyarakat setempat dibuat kaget karena tahun ini, mereka terlihat seolah-olah mengubah cara pengelolaan mereka.
