Namun yang menjadi kendala/persoalan ialah bahwa seringkali tuntutan jumlah jam mengajar GTT bertabrakan dengan jumlah jam mengajar dari guru PNS. Bila ditemukan benturan seperti itu, maka GTT sekolah negeri sering mengalah kepada guru PNS pada sekolah negeri.
Dalam satuan pendidikan sekolah negeri, yang dapat disebut sebagai guru tetap adalah guru yang diangkat oleh pemerintah daerah/kota yang bersangkutan. Sedangkan yang dimaksudkan dengan penyelenggara pendidikan adalah yayasan yang diakui sering memberikan SK guru tetap kepada para guru dalam lingkungan yayasannya.
Namun demikian SK Guru Tetap Yayasan (GTY) itu tak bisa diakui oleh pihak pemerintah. Maka dirasa perlu pemerintah melakukan program Inpassing kepada para guru tetap yayasan. Inpassing adalah proses penyesuaian golongan dan angka kredit kepada para guru tetap yayasan setingkat dengan guru negeri (guru PNS). Penyesuaian pangkat/angka kredit/golongan itu bertujuan untuk proses pembayaran tunjangan profesi pendidik.
Proses sertifikasi menjadi syarat terpenting dalam penyebutan seseorang menjadi guru sebagaimana tertulis pada PP No. 74 tahun 2008, Pasal 1: Yang dimaksudkan dengan guru adalah pendidik profesional dengan tugas untuk mendidik, mengajar, membimbing, mengarahkan, melatih, menilai dan mengevaluasi guru profesional merupakan persyaratan pokok dalam pemberlakukan PP No.74 tahun 2008 tersebut.
Maka pemerintah berjuang agar semua guru memiliki pendidikan yang relevan sesuai dengan amanat UU No. 14 Tahun 2005 dengan cara memberikan beasiswa bagi para guru yang belum memenuhi kualifikasi akademik untuk melanjutkan study hingga jenjang S1 agar dapat memenuhi rambu-rambu atau persyaratan dalam proses sertifikasi guru.
Sebegitu lama proses sertifikasi guru dan dosen berjalan yakni sejak dikeluarkannya UU guru dan dosen No.14 Tahun 2005, nampaknya kita perlu mencermati ruang yang sesuai bagi penyelenggara pendidikan yakni yayasan pendidikan, pemerintah dan pemerintah daerah bagi terselenggaranya sebuah sistem pendidikan yang bebas intervensi dan karena itu memungkinkan bertumbuhnya aktivitas intelektual, kreativitas pendidikan baik para siswa maupun para guru lewat pembagian tugas yang tepat dan pengenalan jangkauan kerja yang memungkinkan bertumbuhnya nilai-nilai pendidikan yang relevan dan menjawabi kebutuhan dunia kita.
Pertama, ruang gerak bagi yayasan pendidikan. Bagi pihak swasta, (SD/SMP/SMA/SMK swasta, universitas swasta/sekolah tinggi swasta/akademi swasta) wewenang untuk mengangkat seorang guru/dosen sering ditentukan oleh kepala sekolah/ketua sekolah tinggi atau ketua universitas/direktur akademi dan pihak ketua yayasan.
Namun dalam pelaksanaannya sering kepala sekolah swasta menjadi penentu paling utama dalam pengangkatan seorang guru tetap yayasan sebab kepala sekolah swasta merupakan pimpinan yang paling mengetahui kebutuhan dan kinerja seorang guru. Seringkali kepala sekolah memiliki wewenang penuh untuk mengangkat dan memberhentikan seorang guru berdasarkan penilaian pribadi dan staffnya.
Yayasan menjadi tergantung kepada laporan dan nasihat dari kepala sekolahnya. Namun bagi yayasan tertentu yang bertindak sebagai pemilik sekolah swasta yang bersangkutan, sering pihak yayasan merangkap sebagai kepala sekolah swasta. Hal itu terjadi bila pendiri dan direktur yayasan itu bukan berasal dari sebuah lembaga keagamaan, melainkan pribadi. Bila yayasan itu milik individu, maka pengangkatan seorang ketua yayasan tidak berdasarkan musyawarah.
Namun bila yayasan itu milik lembaga keagamaan dan hidup bakti (biarawati/biarawan) dalam kalangan katolik, muslim atau kristen, maka pengangkatan ketua yayasan itu sering berdasarkan voting atau demokrasi. Demikian juga halnya pengangkatan seorang dosen tetap yayasan, dosen tidak tetap yayasan sering bergantung kepada seorang rektor universitas atau ketua sekolah tinggi/direktur akademi
Sehingga hubungan antara kepala sekolah dan pihak yayasan sering berdasarkan hubungan konsultasi dan berdasarkan pemahaman dan pemikiran mereka sesuai spritualitas hidup yang mereka anuti. Namun dengan adanya kebijakkan inpassing, maka segala bentuk SK guru tetap berupa golongan dan masa kerja harus perlu disesuaikan kepada pihak pemerintah. Inpassing adalah penyetaraan golongan, kepangkatan dan masa kerja dengan angka kreditnya.
