h.Fase Pergolakan dan Pembaharuan Pemikiran (1970-1998)
Selama kurun waktu Orde Lama (1956-1965) kebebasan mengeluarkan pendapat banyak yang bersifat akademis terlebih-lebih politik terkekang dengan ketat. Susana itu berubah tatkala Orde Baru muncul, walaupun kebebasan hakiki belum di peroleh sebagaimana mestinya. Sama halnya dipenghujung pemerintajan Soeharto dianggap sebagai suatu perbedaan yang tidak pada tempatnya. Namun walaupun demikian kebebasan datang, kondisi terbatas dapat dimanfaatkan, baik yang berkaitan dengan agama, akademik dan politik. Kejumhudan dan susana terkekang pada masa Orde Lama mulai cair terutama dalam pembaharuan pemikiran Islam yang dipandang sebagai suatu keharusan, sebagai jawaban terhadap berbagai masalah untuk memenuhi kebutuhan kontemporer. Hal seperti ini muncul di kalangan HMI dan mencapai puncaknya tahun 1970. Tatkala Nurcholis Madjid menyampaikan ide pembaharuannya dengan topik Keharusan Pembaharuan Pemikiran dalam Islam dan masalah Integrasi Umat. Sikap itu diambil karena apabila kondisi ini dibiarkan persoalan-persoalan umat yang terbelenggu selama ini, tidak akan memperoleh jawaban efektif.
Sebagai konsekuensinya muncul pergolakan pemikiran dalam tubuh HMI yang dalam berbagai subtansi permasalahan timbul perbedaan pendapat, penafsiran dan interpensi. Hal itu tercuat dalam bentuk seperti persoalan negara Islam, Islam kaffah, sampai kepada penyesuaian dasar HMI dari Islam menjadi Pancasila. Sejak diberlakukannya undang-undng nomor:8/1985 yang mengharuskan semua partai dan organisasi harus berdasarkan pancasila. Kongres ke 16 HMI di Padang 1986,HMI menyesuaikan diri dengan mengubah asas Islam dengan Pancasila. Akibatnya beberapa orang HMI membentuk MPO, akibatnya HMI tepecah menjadi dua yaitu HMI DIPO dan HMI MPO.
i.Fase Reformasi (1998-2000)
Apabila dicermati dengan seksama secara historis HMI sudah mulai melaksanakan gerakan reformasi dengan menyampaikan beberapa pandangan yang berbeda serta kritis maupun evaluasi secara langsung terhadap pemerintahan Orde Baru dibawah kepemimpinan presiden Soeharto pada tahun 1995. Sesuai dengan kebijakan PB HMI, bahwa HMI tidak akan melakukan tindakan-tindakan konstitusional dan konfrontasiterhadap pemerintah. HMI melakukan dan menyampaikan kritik secara langsung yang bersifat konstruktif.
Koreksi dan kritik yang dimaksud. Pertama, disampaikan M. Yahya Zaini ketua Umum PB HMI periode 1992-1995 ketika memberikan sambutan pada pembukaan Kongres ke 20 di Istana Negara Jakarta tanggal 21 Januari 1995. koreksi itu antara lain bahwa, menurut penilaian HMI pembangunan ekonomi kurang di ikuti dengan pembangunan politik. Masih dirasakan tingkat perubahan di tingkat politik tidak sebanding dengan apa yang terjadi di bidang ekonomi. Dalam pembangunan politik institusi-institusi politik atau badan-badan demokrasi belum maksimal memainkan fungsi dan perannya. Akibatnya aspirasi masyarakat masih sering tersumbat. Kondisi inilah yang membuat kita, pemerintah dan masyarakat untuk terus menggelindingkan proses demokratisasi dengan bingkai Pancasila tetapi ini harus diikuti dengan pemberdayaan masyarakat. Dalam suasana demikian, proses saling kontrol akan terbangun. Selain itu HMI melihat masih banyak distorsi dalam proses pembangunan gejala penyalahgunaan kekuasaan, kesewenang-wenangan, praktek kolusi, korupsi, dan nepotisme adalah cerminan tidak berfungsinya sistem nilai yang menjadi kontrol dan landasan etika dan bekerjanya suatu sistem.
Suara reformasi berikutnya dengan fokus yang lebih tajam, lugas di hadapan presiden Soeharto tatkala menghadiri dan memberikan sambutan pada peringatan ulang tahun emas 50 tahun HMI di jakarta tanggal 20 Maret 1997 (satu tahun sebelum reformasi), dimana Taufik Hidayat ketua umum PB HMI 1995-1997 menegaskan. Sekaligus jawaban atas kritik-kritik yang memandang HMI terlalu dekat dengan kekuasaan. Bagi HMI, kekuasaan atau politik bukanlah hal yang haram, politik justru mulia, apabila di jalankan di atas etika dan bertujuan untuk menegakkan nilai-nilai kebenaran dan keadilan. Lantaran itu, HMI akan mendukung kekuasaan pemerintah yang sungguh-sungguh dalam memperjuangkan kebenaran dan keadilan. Sebaliknya, HMI akan tampil kedepan dan menantang kekuasaan yang korup dan menyeleweng. Ini telah dibuktikan ketika HMI telah aktiv adalam merintis dan menegakkan Orde Baru. Demikian juga pada saat sekarang ini dan masa-masa mendatang. Kritik-keritik ini tidak boleh mengurangi rasa percaya diri HMI untuk tetap melaksanakan amal ma’ruf dan nahi munkar.
Pemikiran reformasi selanjutnya disampaikan ketua umum PB HMI 1997-1999 Anas Urbaningrum pada peringatan Dies Natalis ke 51 di Graha Insan Cita Depok tanggal 22 Februari 1998, dengan judul Urgensi Reformasi Bagi Pembangunan Bangsa yang Bermartabat. Pidato itu disampaikan 3 bulan sebelum lengsernya presiden Soeharto 21 Mei 1998. Suara dan tuntutan reformasi telah dikumandangkan pula dalam berbagai aspek, yang disampaikan Anas Urbaningrum pada peringatan Dies Natalis ke 52 di Jakarta 5 Februari 1999 dengan judul Dari HMI Untuk Kebersamaan Bangsa Menuju Indonesia Baru. Tuntutan reformasi juga disampaikan ketua umum PB HMI M. Fahruddin pada peringatan Dies Natalis ke 53 HMI di Jakarta 5 Februari 2000 dengan judul Merajut Kekuasaan Oposisi Membangun Demokrasi Membangun Peradaban Baru Indonesia.
j.Fase Tantangan II (2000-sekarang)
Fase tantangan II ini justru datang setelah Orde Reformasi berjalan dua tahun. Mestinya berdasarkan landasan-landasan atau sikap-sikap yang telah diambil PB HMI memasuki era reformasi semestinya HMI mengalami perkembangan yang signifikan menjawab berbagai tantangan sesuai perannya sebagai organisasi perjuangan, yang harus tampil sebagai pengambil inisiatif dalam memajukan kehidupan masyarakat, berbangsa dan bernegara. Akan tetapi justru sebaliknya HMI secara umum mengalami kemunduran, yang secara intensif disinyalir Agussalim Sitompul dalam bukunya 44 indikator kemunduran HMI.
Jika pada fase tantangan I (1954-1965) HMI dihadapkan kepada tantangan eksternal yaitu menghadap PKI, pada fase tantangan II ini HMI dihadapkan sekaligus pada dua tantangan besar secara internal dan eksternal sekaligus.
