Pemindahan Stasiun Malang baru dapat dilakukan pada tahun 1938 oleh Gemeente Malang dan 'Staatspoorwegen' (SS). Stasiun baru ini dibangun kurang lebih 100 meter selatan stasiun lama.
Dari segi tata ruang Kota Malang letaknya sangat strategis dengan berorientasi kepada alun-alun bunder (Alun Alun Tugu), sebuah lambang dari pusat Kota Malang yang baru (setelah tahun 1925).Â
Jalan di depan stasiun tersebut rencananya akan dibangun suatu boulevard yang dinamakan Daendels Boulevard, namun hingga kini hal tersebut tidak pernah terealisasi.
Stasiun yang menghadap ke barat ini diresmikan pada 25 Februari 1941. Merupakan karya arsitek W.J. van der Erb seorang kepala teknisi SS dari Landsgebouwendienst, Dinas Layanan Gedung Nasional yang desainnya dibantu oleh Frits Planten dari AIA-Sitsen en Louzada Soerabaja.
Desain bangunan stasiun ini bergaya monoque, desain arsitektur modern stasiun khas Eropa. Stasiun ini memiliki peron tinggi yang terhubung dengan terowongan bawah tanah sebagai akses pejalan kaki.
Pembangunannya dirancang ketika ada desas-desus perang, sehingga pada terowongan dibuat pintu berbahan baja tebal. Pembuatan pintu ini dimaksudkan agar terowongan dapat digunakan sebagai tempat perlindungan ancaman bom.
Bagian atap tiga peronnya terbuat dari beton modern sebagai salah satu bentuk perlindungan. Kanopi di Stasiun Malang tersebut menunjukkan betapa kuat dengan kemiripan pada kanopi paska perang yang di bangun di Rotterdam CS.
