Dalam kunjungan ini, Paus Yohanes Paulus II mengunjungi beberapa kota dengan penduduk beragama Katolik terbanyak yaitu Jakarta, Yogyakarta; Dili; Maumere; dan Medan.
Seperti yang diberitakan Antara bahwa kunjungan Paus Yohanes Paulus II dimulai dari Jakarta. Paus memimpin Misa Kudus di Stadion Utama Senayan pada tanggal 9 Oktober 1989 dan dilanjutkan dengan pertemuan empat mata dengan Presiden Soeharto di Istana Merdeka.
Pada tanggal 10 Oktober 1989, Paus Yohanes Paulus II berkunjung ke Taman Mini Indonesia Indah (TMII) dan bertemu dengan para biarawan-biarawati di Gereja Katedral Jakarta.
Selanjutnya pada hari yang sama Paus bertolak ke kota Yogyakarta yang disambut meriah umat Katolik Yogyakarta. Paus Yohanes Paulus II memimpin Misa Kudus di Lapangan Dirgantara Yogyakarta yang dihadiri baik oleh umat Katolik sendiri maupun pimpinan dan umat beragama lainnya.
Pada hari berikutnya, Paus berkunjung ke Maumere, Kabupaten Sikka, Nusa Tenggara Timur. Di sana Paus memimpin Misa agung di Stadion Samador Maumere, dan mengunjungi Seminari Tinggi Ritapiret.
Setelah mengunjungi Kota Dili (waktu itu Provinsi ke-27 RI yaitu Timor Timur. Kini Negara Timor Leste), dan Medan, Sumatera Utara, pada tanggal 14 Oktober 1989, Paus bertolak meninggalkan tanah air Indonesia.
Dalam kunjungan apostolik ini, Paus Yohanes Paulus II yang kini telah menjadi Santo Yohanes Paulus II menyampaikan pesan sederhana kepada seluruh umat Katolik di Indonesia untuk semakin meneguhkan iman kepada Yesus Kristus.
Kunjungan III oleh Paus Fransiskus tahun 2024.
Setelah 35 tahun silam Paus Yohanes Paulus II berkunjung ke Indonesia, baru pada tahun 2024, Paus Fransiskus akan melawat lagi ke Indonesia. Dalam kunjungan ketiga ini, Paus Fransiskus yang bernama asli Jorge Mario Bergoglio rencananya akan tiba di Indonesia pada 3-6 September 2024.
Ada sejumlah agenda yang akan dilaksanakan oleh Paus Fransiskus selama melakukan kunjungan resmi kenegaraan di Indonesia. Menurut detiknews,29/8/2024, pada tanggal 3 September 2024, Paus Fransiskus tiba di Bandara Internasional Soekarno-Hatta (Soetta) diterima resmi oleh KWi dan Panitia Nasional yang diketuai oleh Bapak Ignatius Jonan.
Pada tanggal 4 September, Paus Fransiskus akan melakukan Pertemuan Kenegaraan dengan Presiden Indonesia, Joko Widodo di Istana Merdeka, Jakarta.
Pada hari yang sama setelah bertemu Presiden Joko Widodo, Paus Fransiskus dijadwalkan akan melakukan sejumlah pertemuan dengan pejabat pemerintahan, korps Diplomatik, tokoh masyarakat dan sipil di Aula Istana Negara.
