Di sana ada barang peninggalan milik Uskup Agung Semarang saat itu, Mgr. Albertus Soegiyapranata, SJ berupa mitra Uskup, kursi, lukisan, dan semboyannya yang terkenal: "100% Katolik, dan 100% Indonesia".
Selain itu ada juga barang-barang peninggalan dan tanda jasa dari Romo  YB. Mangunwijaya.  Tanda jasa itu diberikan oleh Presiden RI ke-4 Gus Dur kepada Romo Mangunwijaya.
Pada ruangan yang lain di sana terpampang barang-barang seperti kursi, mimbar, dan altar yang pernah dipakai pada saat kunjungan Paus Yohanes Paulus II di Yogyakarta tahun 1989.Â
Pada misa tanggal 10 Oktober 1989 di Lapangan Dirgantara Yogyakarta itu, Paus Yohanes Paulus II yang kini sudah menjadi Santo Yohanes Paulus II itu menggunakan bahasa Indonesia. Maka di museum Misi Muntilan itu tersimpan naskah kotbah mendiang Paus Yohanes Paulus II itu.
Untuk mengetahui sejarah masuknya agama Katolik di Jawa, kita juga dapat membaca pada buku-buku sejarah Gereja yang tersedia dan sekaligus menyaksikan barang-barang peninggalan yang menjadi bukti sejarah. Di sana ada kisah tentang salah seorang dari 70 umat perdana yang dibaptis di Sendang Sono yaitu Barnabas Sari Kromo yang berasal dari Pegunungan Menoreh, Kulon Progo, Jawa Tengah.
Selain jubah dan alat-alat misa, kita juga bisa melihat sepeda onthel yang biasa dipakai oleh Pastor atau Katekis untuk menyebarkan ajaran Katolik, dan mengunjungi umat.  Ada juga lembaran-lembaran doa Katolik yang tertulis dalam bahasa Jawa dan aksara Jawa.Â
Di bagian lain, ada juga sepatu, tongkat uskup yang dipakai oleh Uskup dan imam-imam Semarang terdahulu. Ada juga beberapa peninggalan lain seperti alat musik harmonium yang biasa dimainkan pada saat misa, ada juga perlengkapan 'wayang wahyu' yang merupakan wayang khusus yang bercerita tentang agama Katolik. Dan masih banyak lagi barang peninggalan sejarah Katolik lainnya.
Apa yang Unik Dari Museum Ini?
Museum Misi Muntilan ini merupakan museum khusus agama Katolik. Namun boleh dikatakan sebagai keunikan dan kekhasan dari museum ini adalah ia terbuka untuk siapa saja boleh datang dan mengunjunginya.
Seperti sifat gereja Katolik yang umum itu, demikianlah keunikan museum ini. Siapapun dia, agama apa pun dia, diperkenankan untuk masuk dan melihat semua koleksi yang ada.
Bahkan pengunjung bisa masuk secara gratis dan akan ditemani oleh staf museum yang siap untuk menjelaskan tentang seluk beluk dan barang-barang bersejarah yang ada dalam museum ini.
