Artikel lain: Komcad, Ancaman Nyata di Ranah Sipil?Â
Drama panjang terkait posisinya di kabinet berakhir setelah pada tanggal 11 Maret 2004 SBY mengundurkan diri. Saat itu telah memasuki masa kampanye Pemilu 2004 dan SBY langsung aktif di Partai Demokrat.
Meski baru, Partai Demokrat mendulang suara cukup signifikan yakni 7,45 persen. Di sisi lain perolehan suara PDIP yang memenangi Pemilu 1999, anjlok. PDIP hanya meraih 18,53 persen suara, di bawah Partai Golkar yang tampil sebagai jawara.
Tidak lama setelah itu, SBY mendeklarasikan diri sebagai calon presiden dengan menggandeng Jusuf Kalla. Puncaknya, pada putaran kedua Pilpres 2004, Megawati berhadapan langsung dengan SBY. Hasilnya, Megawati yang berpasangan dengan Hasyim Muzadi kalah telak. Bahkan perolehan suaranya tidak sampai 40 persen.
Di Pilpres 2009, Megawati yang berpasangan dengan Prabowo Subianto kembali dipecundangi SBY yang berpasangan dengan Boediono. Perolehan suaranya juga melorot dibanding Pilpres 2004, yakni hanya 26,79 persen, di atas pasangan Jusuf Kalla - Wiranto (12,41 persen), namun jauh di bawah SBY-Boediono (60,80 persen).
Sejak 2004 hingga sekarang Megawati dan SBY tidak pernah akur, meski sempat beberapa kali bertemu. Pada Pilpres 2019, Partai Demokrat sempat diwacanakan mendukung Presiden Joko Widodo. Namun akhirnya kandas dan menurut SBY karena terganjal hubungan dirinya dengan Megawati.
Kecolongan Dua Kali
Pernyataan Mega kecolomngan dua kali, yang dibeber Marzuki Alie, diucapkan SBY menjelang Pilpres 2004. Marzuki menafsirkan, kecolongan pertama saat SBY pindah. Mungkin yang dimaksud Marzuki, ketika SBY keluar dari kabinet dan secara resmi masuk ke Partai Demokrat.
Kecolongan kedua, masih menurut Marzuki, saat dia ambil Pak JK. Artinya saat SBY menggandeng JK untuk menghadapi Megawati di Pilpres 2004.
Jika begitu tafsirnya, maka sebenarnya tidak ada yang kecolongan. Sejak awal Megawati sudah mengetahui gelagat SBY. Bahkan Megawati pernah menanyakan langsung apakah SBY akan maju di Pilpres 2004. Namun SBY tidak menjawab dengan tegas  sementara Partai Demokrat yang baru berdiri telah mnendeklarasikan pencalonannya.
Dengan alasan itu, Megawati tidak pernah lagi mengajak SBY dalam rapat kabinet. Artinya mundurnya SBY dari kabinet jelas sudah diperhitungkan oleh Megawati. Di sini makna kecolongan tidak tepat.
Kecolongan kedua, SBY menggandeng JK. Bagaimana disebut kecolongan sementara saat itu tidak ada wacana Megawati akan menggandeng JK. Posisi JK di Kabinet Gotong Royong sama seperti SBY yakni bentuk kompromi pasca kemelut politik 2001 yang berujung pelengseran Gus Dur. Megawati membutuhkan sosok TNI yang diwakili SBY dan Golkar yang diwakili JK.
