Pertemuannya dengan Karino (Yu Yokoyama), seorang seniman manga yang sedang berusaha meniti kariernya yang stagnan, lantas berubah menjadi persahabatan yang lucu dan menggemaskan, namun tak jarang terasa menyebalkan. Sifat keduanya yang berbeda 180 derajat itulah yang membuat keduanya masuk ke dalam love-hate relationship.
Tak hanya Karino, kebaikan Kotaro juga menuntunnya untuk bertemu dengan orang-orang baik di apartemennya seperti Mizuki (Maika Yamamoto), tuan Tamaru (Katsuhisa Namase), nona Ayano (Kanako Momota) yang membantu mengirimkan uang sakunya, serta Keisuke (Daigo Nishihata) yang merupakan guru baru di TK tempat Kotaro bersekolah.
Sepanjang satu musimnya, konflik dan cerita yang disajikan serial ini memang hanya berputar di sekitar karakter-karakter yang disebutkan sebelumnya. Dengan beberapa karakter "tamu" kemudian muncul di beberapa episode akhir untuk menguatkan inti cerita dan memberikan jawaban atas berbagai pertanyaan tentang Kotaro itu sendiri.
Seperti bagaimana ia bisa punya uang untuk hidup sendiri, siapa orangtuanya, dan bagaimana kisah hidupnya sebenarnya hingga ia harus memilih untuk hidup seorang diri.
Kotaro Lives Alone memang memulai ceritanya dengan atmosfer ceria khas drama Jepang. Ditambah dengan berbagai adegan komedi slapstick-nya juga seakan menegaskan bahwa serial ini akan terus terasa bahagia hingga akhir. Namun kenyataannya tidak.
Walaupun porsinya tak sebanyak komedinya, namun tak bisa dipungkiri bahwa serial ini cukup dahsyat memberikan suasana haru dan menyayat hati ketika menceritakan tentang latar belakang Kotaro di beberapa episodenya.Â
Kotaro yang menjadi korban perpisahan orangtuanya, harus tumbuh dalam trauma dan kesedihan yang begitu membekas.
Trauma yang memaksanya menjadi dewasa sebelum waktunya dan sebisa mungkin menahan tangisnya, demi menunjukkan bahwa dirinya bukan seorang anak kecil lagi. Bahwa dirinya tidak boleh gampang menyerah pada keadaan, tak peduli seberapa besar sakit yang ia rasakan.
Sifat Kotaro yang cenderung lebih tegas, teguh pada pendirian, berani, namun sangat mudah percaya kepada orang lain itulah yang membuat hubungannya dengan Karino menjadi begitu lucu.Â
