1. Diskriminasi Sosial
Sistem zonasi menciptakan ketidakadilan di masyarakat, terutama bagi anak - anak yang tempat tinggalnya di daerah yang tidak memiliki akses ke sekolah berkualitas.
2. Kesenjangan Kualitas Pendidikan
Adanya perbedaan kualitas antar sekolah yang berada di wilayah yang lebih kaya dan yang kurang kaya serta kurang berkembang.
3. Kesulitan Orang Tua dan Siswa Dalam Memilih SekolahÂ
Orang tua dan siswa merasakan dampak  dari terbatasnya pilihan sekolah karena sistem zonasi.
4. Siswa Menjadi Malas Belajar
Sistem zonasi membuat siswa menjadi malas belajar, terutama bagi siswa yang tempat tinggalnya berada di zona sekolah dengan kualitas pendidikan yang bagus. Karena mereka yakin pasti diterima  karena tempat tinggalnya berada dekat dengan sekolah tersebut. Begitu pula siswa yang tempat tinggalnya jauh dari sekolah favorit, akan malas belajar karena mereka  juga pesimis dapat diterima di sekolah dengan sekolah tersebut.
5. Melahirkan Kecurangan
Meskipun kesan sekolah favorit ingin dihilangkan oleh sistem zonasi, pada kenyataannya sekolah - sekolah favorit sampai saat ini masih menjadi favorit orang tua. Karena keinginan orang tua menyekolahkan anaknya di sekolah dengan kualitas pendidikan yang lebih bagus maka orang tua rela pindah alamat domisili  Kartu Keluarga (KK) mendekati zona sekolah favorit.Â
Kebijakan sistem zonasi dibuat dengan tujuan yang sangat mulia yaitu pemerataan kualitas pendidikan, mengurangi kesenjangan antar wilayah, mempercepat pemerataan pembangunan, menjadikan setiap sekolah adalah sekolah favorit, dan menghilangkan kesan favoritisme pada salah satu sekolah saja. Namun, pada kenyataannya tidak seperti itu  yang dirasakan oleh masyarakat. Sebagian masyarakat merasa terdeskriminasi dengan adanya sistem zonasi.Â