Karena lokasinya di kampung Kauman, masjid ini juga dikenal dengan Masjid Kauman.
Masjid Gedhe Kauman dibangun pada masa pemerintahan Sri Sultan Hamengkubuwono I dengan peletakan batu pertama pada Ahad Wage, 29 Mei 1773 M atau 6 Robiul Akhir 1187 H.
Desain dari Masjid Gedhe Kauman ini sebenarnya hampir serupa dengan masjid-masjid yang ada di pulau Jawa.
Hal tersebut terlihat dari adanya serambi pada Masjid Gedhe Kuman, yang memiliki fungsi sebagai tempat pertemuan para ulama, lokasi pengajian, syiar dakwah Islam, serta sebagai tempat pengadilan agama Islam.
Baca juga: "Masjid Gedhe Kauman yang Tetap Menawan" oleh Arif L. Hakim
2. Masjid Gedhe Mataram / Masjid Agung Kotagede
Selanjutnya, salah satu masjid bersejarah di Yogyakarta adalah Masjid Gedhe Mataram atau yang biasa juga disebut dengan Masjid Agung Kotagede.
Masjid ini ternyata lebih tua dari Masjid Gedhe Kauman lantaran usia berdirinya tercatat sejak tahun 1640, tepatnya pada masa pemerintahan Sultan Agung.
Desain dari masjid ini sangat unik, karena memadukan arsitektur Jawa dan Islam yang sangat kental.
Terdapat karakter pluralisme di balik dominasi arsitektur Jawa pada bangunan limasannya berupa gapura atau gerbang yang disebut rana/kelir yang juga jadi ciri khas rumah ibadah Hindu dan Budha.
Di sebelah selatan masjid terdapat makam keluarga raja. Namun, makam yang ada pada Masjid Agung Kotagede hanya digunakan oleh keluarga besar trah raja-raja Mataram Islam.
3. Masjid Syuhada
Mengenang bagaimana warga Yogyakarta merebut kemerdekaan dan mengusir pendudukan tentara Jepang (1942-1945), Masjid Syuhada menjadi buktinya.