Keputusan Beragama dan Beribadah Diletakkan pada Dominan Privat atau Tingkat Individu Bukan Negara

Dapat juga dikatakan bahwa agama perupakan persoalan individu dan bukan persoalan negara. Negara dalam hubungan ini cukup menjamin secara yuridis dan memfasilitasi agar warga negara dapat menjalankan agama dan beribadah dengan rasa aman, tenteram, dan damai. Akan tetapi, bagaimanapun juga manusia membentuk negara tetap harus ada regulasi negara khususnya dalam kehidupan beragama.

Formulasi  yang khas tentang hubungan negara dan agama ditemukan pada sejarah bangsa Indonesia, di tengah-tengah tipe negara yang ada di dunia, yaitu negara sekuler, negara ateis, dan negara teokrasi. Para pendiri negara bangsa ini menyadari bahwa 'kausa materialis' negara Indonesia adalah pada bangsa Indonesia sendiri. 

Bangsa Indonesia sejak zaman dahulu adalah bangsa yang religius, yang mengakui adanya 'Dzat Yang Maha Kuasa', yaitu Tuhan, dan hal ini merupakan suatu dasar ontologis bahwa manusia sebagai warga negara adalah sebagai makhluk Tuhan Yang Maha Esa. 

Hubungan agama dan negara telah diperdebatkan sejak lama. Bahkan, masalah ini dianggap pemicu pertama kalinya konflik intelektual dalam kaitannya beragama dan bernegara. Dalam perkembangan peradaban manusia, agama senantiasa memilki hubungan negara. Hubungan agama dan negara mengalami pasang surut. 

Ada suatu masa di mana agama dekat dengan negara atau bahkan menjadi negara agama atau sebaliknya pada masa-masa agama mengalami ketegangan dengan negara, dalam perjalanannya hubungan antara agama dengan negara, tentu tidak dapat lepas dari pengaruh sosial budaya atau politik yang melatarbelakanginya.

Puncak hubungan negara dengan agama terjadi konsepsi Kedaulatan Tuhan dalam pelaksanaanya diwujudkan dalam diri raja. Kedaulatan Tuhan dan Kedaulatan Raja berhimpit satu sama lain sehingga raja adalah absolut yang mengungkung peradaban manusia pada abad pertengahan. Kondisi tersebut melahirkan gerakan sekulerisme yang berusaha memisahkan institusi negara dari institusi agama, antara negara dengan gereja

Negara dan agama sesungguhnya sudah berlangsung jauh hari di antara para pendiri bangsa Indonesia.  Agama Islam bukan semata-mata mengatur   hubungan manusia dengan Tuhannya saja, tetapi juga mengatur manusia dengan manusia. Negara adalah lembaga sebuah organisasi yang memiliki tujuan, lengkap dengan sarana fisik serta norma- norma khusus yang diakui umum. 

Dalam sebuah masyarakat terdapat berbagai lembaga (pendidikan, ekonomi, agama, politik, keluarga), negara mencakup keseluruhan dan semua lembaganya , negara mempersatukan lembaga-lembaga ini di dalam sistem hukum, mengatur masyarakat yang berbeda-beda. 

Negara juga berhak memaksa anggotanya mematuhi peraturan dan hukumnya. Indonesia negara yang nasional yang bersatu, yaitu negara yang tidak akan mempersatukan dirinya dengan golongan yang terbesar, tetapi yang akan mengatasi segala golongan dan akan menghormati keistimewaan dari segala golongan, baik golongan yang besar maupun yang kecil. 

Negara nasional Indonesis yang bersatu itu urusan agama akan terpisah dengan sendirinya, urusan agama diserahkan kepada golongan-golongan agama yang bersangkutan.

Pembahasan yang sangat serius disertai dengan komitmen moral yang sangat tinggi para Pendiri negara Indonesia nampaknya menentukan pilihan yang khas dan inovatif tentang bentuk negara dalam hubungannya dengan agama sampailah pada suatu pilihan bahwa negara Indonesia adalah negara yang berdasarkan atas 'Ketuhanan Yang Maha Esa'.