Berdasarkan cerita sejarah, peralihan kekuasaan dari Sultan Sepuh IX (Sultan Raja Sulaeman) ke Sultan Sepuh X (Sultan Raja Atmaja) juga mengalami berbagai polemik dan dinamika. Setelah Sultan IX wafat, dilakukan perwalian oleh Pangeran Adiwijaya bergelar (Pangeran Syamsudin IV). Pangeran Adiwijaya menjadi wali bagi Pangeran Raja Satria sesuai dengan penegasan Residen Belanda untuk Cirebon tahun 1867.
Tidak lama memerintah, Pangeran Raja Satria kemudian digantikan oleh saudaranya, yaitu Pangeran Raja Jayawikarta yang memerintah sekitar tahun 1875-1880. Setelah itu baru kemudian turun tahta ke Sultan Sepuh X, Sultan Raja Atmaja menggantikan saudaranya, Pangeran Raja Jayawikarta.
Mencermati dinamika suksesi tahta tersebut, ini memperlihatkan bahwa intervensi dan kontrol Belanda terhadap kehidupan internal kesultanan. Sebagai bukti lain bahwa Belanda memiliki kewenangan dan penentu dalam hal pengangkatan atau penobatan Sultan adalah bendera kebesaran Cirebon yang asli saat ini masih tersimpan di Belanda. Bendera atau panji ini biasa digunakan dalam prosesi pengangkatan atau penobatan sultan.
Kooptasi Kolonial Belanda terhadap Keraton seperti itu menjadi sebuah alasan logis jika pihak keraton pada akhirnya menempatkan Belanda pada kedudukan yang sedemikian rupa pentingnya.
Saat kondisi keraton "tersandera" seperti ini, perlawanan dilakukan dari luar. Beberapa keluarga keraton yang memilih keluar dari lingkungan keraton yang kemudian mendirikan pesantren dan padepokan inilah yang kemudian melakukan konfrontasi.
Sementara itu, polemik yang berkembang baru-baru ini, Raharjo selaku cucu keturunan Sultan ke XI (Aluda Tajul Arifin) menggugat tahta kesultanan dan ingin meluruskan sejarah serta mengembalikan pakem mengenai penurunan tahta sultan.Â
Dia menuding Sultan Sepuh ke XII (Raja Rajaningrat) tidak sah karena bukan keturunan asli. Ia menganggap, selain bukan keturunan Raja, Sultan ke XII yang bernama asli Alexander adalah anak orientalis Belanda bernama Snouck Hurgronje yang menikah siri dengan kerabat Keraton Kasepuhan. Karena tidak direstui Sultan, mereka diasingkan keluar dari keraton dan anaknya dititipkan pada Sultan ke XI.
Secara sederhana, Sultan Raja Rajaningrat merupakan anak selir dengan orientalis Belanda yang bukan dari garis keturunan laki-laki. Penobatannya pun pada saat itu ditunjuk oleh Pemerintah Hindia Belanda.
Jika melihat kronologi demikian, maka wajar jika ada ketakutan akan hilangnya silsilah yang selama ini menjadi pakem dan dipegang erat kalangan anak keturunan Sunan Gunungjati. Sultan keturunan selanjutnya akan semakin melenceng dari garis keturunan.
Kalau pengangkatan Sultan XII dianggap semacam perwalian disebabkan anak keturunan dari Sultan sebelumnya belum cukup dewasa, seharusnya jika turun tahta, maka pengganti berikutnya dikembalikan pada keturunan yang sebenarnya. Hal ini sebagaimana terjadi pada peralihan tahta Sultan IX kepada Sultan ke X.
Namun satu hal menarik, jika tujuannya adalah ingin mengembalikan tradisi, pakem dan memurnikan garis silsilah, sepertinya perlu menarik jauh ke belakang. Setidaknya melacak mulai dari Sultan Sepuh ke VI yang saat itu penunjukannya oleh Belanda.
