Hakikat dan tujuan adalah sesuatu yang tidak dapat dipisahkan, adanya pesantrean pasti memiliki tujuan tertentu. Ada tujuan umum dan tujuan khusus, tujuan umumnya yaitu membina warga Negara agar berkepribadian muslim sesuai dengan syariat agama islam dan menanamkan rasa keagamaan dalam segi kehidupan serta menjadikan orang yang berguna bagi kehidupan agama, berbangsa dan bernegara.
Tujuan khususnya yaitu :
a. mendidik santri untuk menjadi muslim yang bertaqwa kepada Allah SWT, berakhlak mulia, memiliki kecerdasan, keterampilan dan sehat lahir batin berdasarkan pancasila
b. mendidik santri menjadi kader-kader ulama' dan muballigh yang berjiwa ikhlas, tabah dan teguh dalam menjalankan syariat islam secara utuh dan dinamis,
c. mendidik santri untuk memperoleh kepribadian dan mempertebal semangat kebangsaan agar membangun dirinya dan bertangung jawab terhadap pembangunan bangsa dan Negara,
d. mendidik santri menjadi tenaga cakap dalam berbagai sektor pembangunan mental spiritual.
e. mendidik santri untuk membantu meningkatkan kesejahteraan sosial masyarakat bangsanya.
Inti dari "Pesantren sebagai sub culture islam nusantara" yaitu kita lihat dari sejarah perkembangan dan asal usul pesantren yang sangat panjang. Dari adanya asal usul dan sejarah tersebut pesantren memiliki pengaruh sangat besar dalam perkembangan kultur dan peradaban bangsa indonesia sebab pesantren tidak hanya membangun dalam bidang keagamaan tetapi juga proses pendidikan.
Dengan adanya proses sejarah yang sangat panjang keberadaan pesantren mampu berkembang meskipun banyak tantangan yang dihadapi semisal pada masa penjajahan belanda, adanya pesantren di hambat dengan membangun sebuah kantor untuk melihat gerik2 pesantren.
Dengan adanya hal itu pesantren mampu bertahan dalam sejarah perkembangan pendidikan di Indonesia serta juga tidak menunjukkan adanya pertentangan kebudayaan.
Oleh sebab itu, jika melihat usianya yang panjang ini proses terbentuknya merupakan akulturasi budaya mestinya sudah cukup alasan untuk menyatakan, bahwa pondok pesantren memang telah menjadi milik budaya bangsa Indonesia dalam bidang pendidikan
dan telah ikut serta mencerdaskan kehidupan bangsa seperti yang telah tertuang dalam UUD 1945.
