Pada tahun 2000, perguruan tinggi ini menjadi salah satu dari beberapa universitas di Indonesia yang mempunyai status  Badan Hukum Milik Negara. Hal tersebut membawa perubahan untuk UI yaitu otonomi dalam pengembangan akademis dan keuangan yang lebih besar. Di era reformasi tersebut, Universitas Indonesia dinilai oleh pemerintah memiliki kemampuan pengelolaan yang cukup untuk mendapatkan kemandirian, otonomi, dan tanggung jawab yang lebih besar.  Sebagaimana tertuang dalam peraturan pemerintah PP No. 152/2000 yang menetapkan UI sebagai BHMN.
Pemerintah mengeluarkan kebijakan penting seperti UU No. 20/2003 yang berisi tentang Sistem Pendidikan Indonesia. Ada juga PP No. 19/2005 tentang Standar Nasional Pendidikan yang di beberapa aspek belum sepenuhnya mendukung UI sebagai BHMN dalam masa pelaksanaan.Â
Sejarah Universitas Indonesia tetap menunjukkan eksistensi dan perkembangannya dari tahun ke tahun secara eksternal atau internal meskipun mengalami pasang surut.Â
Tokoh Bersejarah dari Universitas IndonesiaÂ
Sejarah Universitas Indonesia tidak lepas dari tokoh-tokoh penting yang memiliki peran di berbagai bidang. Berikut adalah contoh-contohnya.
Politik dan kebijakan Publik
Wakil presiden RI pertama - Mohammad Hatta
Presiden kedua RI - SoehartoÂ
Presiden ketiga RI, ilmuwan, dan teknokrat - B.J. Habibie
Presiden ke-h dan jenderal TNI - Susilo Bambang Yudhoyono
Ekonomi dan BisnisÂ
Pengusaha dan pendiri Grup Lippo - Moctar Riyadi
Pendiri dan pengusaha CT corp - Chairul Tanjung
