Selain mengenai kelahirannya, begitu juga dengan yang terjadi di akhir kehidupannya, yang tidak kalah misteriusnya hingga sekarang. Ada beberapa hipotesis yang mendasari acuan kisah akhir Gajah Mada.
Yang pertama, Gajah Mada meninggal karena sakit. Ambisinya yang terlalu kuat untuk menyatukan Nusantara dianggap sebagai salah satu penyebab gagalnya rencana meminang Putri Dyah Pitaloka, yang membuat ia lantas di nonaktifkan sebagai mahapatih. Gajah Mada merasa sangat terpukul, yang kemudian membuatnya jatuh sakit sampai akhirnya meninggal dunia.
Versi kedua, Gajah Mada melakukan moksa. Dalam agama Hindu, Gajah Mada diyakini beberapa orang sebagai titisan Dewa Wisnu, sehingga ketika dirasa pengabdiannya terhadap Kerajaan Majapahit sudah cukup, ia mengasingkan diri dan memilih untuk melepas semua kegiatan duniawi hingga dirinya meninggal pada usaha moksanya. Digambarkan dalam sebuah kidung, ketika Gajah Mada moksa ombak laut menjadi merah dan burung-burung gagak beterbangan memenuhi angkasa.
Tanpa memiliki istri dan seorang pun keturunan membuat Gajah Mada mudah menghilangkan jejak. Ia diam-diam pulang ke kampung halamannya, menanggalkan semua atribut kebesarannya dan menyamar sebagai rakyat biasa. Ia pun mengganti namanya dan tidak ingin dikenali oleh siapapun sebagai mantan Mahapatih Majapahit yang sangat termasyur. Para pengawal setianya pun dengan patuh menutup mulut dan mengatakan bahwa mereka tidak mengetahui di mana sosok tokoh besar yang paling berpengaruh itu berada.
Dengan segala jasa-jasanya tersebut, selain fitnah dan kesalahpahaman, masih menyisakan kesalahan yang cukup berat yang ditimpakan kepadanya. Dia lupa untuk menyiapkan generasi muda yang nantinya akan meneruskan tongkat estafet dan mewarisi kebesaran Majapahit. Semua kekuasaan digenggam dalam tangannya sendiri. Dia menjadi pemimpin besar dan merangkap beberapa jabatan seperti penasehat mahkota, patih mangkubumi, perdana menteri, jaksa negara, dan panglima perang. Dengan demikian, ia seolah membesarkan negara hanya dalam waktu satu generasi saja.
Sebuah Lontar Babad Gajah Mada menyebutkan bahwa sosok hebat itu meninggal pada usia 65 tahun (lahir 1299 dan wafat 1364 M). Usia yang masih terlalu muda untuk manusia hebat tersebut.
