Sebuah kebijakan yang sebenarnya memberatkan hati Gajah Mada dan sempat membuat ia dibayangi rasa bersalah, namun langkah beresiko tinggi itu tetap harus dilakukan. Itu demi kepentingan negara ke depan. Kepentingan yang jauh lebih besar.
Dengan memanfaatkan konflik dan selisih paham yang terjadi diantara penghuni istana, Gajah Mada mengatur siasat untuk menghilangkan raja tanpa menggunakan tangannya.
Gajah Mada diam-diam menceritakan kepada Ra Tanca, tabib istana, bahwa istri tabib itu telah dinodai oleh Sang Prabu. Persidangan pun akan dilakukan untuk memeriksa pengakuan istri Ra Tanca. Tetapi kemudian Sang Prabu mendadak sakit.
Peristiwa yang menggegerkan Majapahit itu terjadi pada tahun 1328 Masehi. Ra Tanca, yang merupakan seorang tabib paling handal saat itu, diperintahkan untuk mengobati Raja. Itu adalah kesempatan yang baik bagi Ra Tanca untuk melampiaskan dendam kesumatnya. Ia sempat berpikir untuk membunuh raja di tempat tidurnya.
Begitu tersiar kabar bahwa raja dibunuh oleh Ra Tanca, Gajah Mada segera menghabisi tabib itu dengan tangannya sendiri. Motif pembunuhan itu cukup gamblang. Disebarkan berita bahwa Ra Tanca sebetulnya masih menyimpan dendam atas terbunuhnya sahabat karibnyanya, Ra Kuti, dan ditambah lagi kemarahannya atas perbuatan Sang Prabu yang telah menodai istrinya. Tentu perbuatan seorang suami yang membunuh si perusak kehormatan itu dibenarkan oleh sebagian besar masyarakat kala itu.
Di belakang peristiwa yang menyedihkan itu beredar pula rumor yang mencurigai bahwa Gajah Madalah yang membunuh raja. Gajah Mada yang merancang semua kejadian itu, tapi tidak ada satu pun orang yang bisa membuktikan kecurigaannya. Bahkan bukti-bukti menunjukkan bahwa Gajah Mada adalah orang yang berbudi luhur, yang selama ini sangat setia kepada raja.
Ra Kembar, salah seorang mantri, sempat mengutarakan kecurigaannya, "Kenapa Gajah Mada tidak mampu mencegah pembunuhan itu? Bukankah dia seharusnya mampu melakukan itu? Hanya dia dan Ra Tanca yang berada di ruang kamar tidur Sang Prabu, jadi hanya dia yang tahu apa yang sebenarnya terjadi!"
Namun, semua keluarga istana berpendapat bahwa Gajah Mada tidak bisa disalahkan. Ibu Suri pun mendukung pendapat itu. Mayoritas masyarakat Majapahit pun setuju mengenai itu. Tidak ada satu pun bukti yang mendukung kecurigaan Ra Kembar, sehingga rumor itu berlalu bagaikan angin sunyi.
Setelah Raja Jayanegara meninggal, Gajah Mada mendukung Dyah Gitarja diangkat sebagai pewaris mahkota. Gajah Mada khawatir singgasana akan jatuh ke tangan Adityawarman (Arya Damar). Adityawaraman adalah sepupu Jayanegara dari garis ibu (putri Mauliwarmadewa Raja Darmaraya). Ayah Adityawarman adalah Adwaya Brahman, kerabat raja Kertanegara (Singhasari), ibunya Dara Jingga, saudari Dara Petak, ibu Jayanegara.
Apabila mahkota jatuh ke tangan Adityawarman, mungkin Majapahit akan kembali dirundung pemberontakan seperti di era Nambi dan Ra Kuti dahulu. Isu primordialisme memang merupakan ancaman yang cukup berpotensi besar memecah-belah keluarga istana.
Setelah Jayanegara dimakamkan di Kepopongan di Antawulan, maka mahkota jatuh kepada putri Dyah Gitarja, yang kemudian bergelar Sri Tribhuana Wijayatunggadewi Maharajasa Jayawisnuwardhani.
