Permasalahan terbesar yang dihadapi oleh TNI adalah doktrin militer yang sesuai dengan peperangan era modern. Doktrin militer Indonesia berpusat pada sishankamrata (sistem pertahanan dan keamanan rakyat semesta) sebagai strategi utama dalam pertahanan Indonesia. Menurut Indrawan (2019), sishankamrata ini berbeda dengan konsep total war, karena lebih kompleks dan tidak hanya mefokuskan semua orang pada kebutuhan perang, seperti wajib miltier dan pengerahan warga sipil untuk berperan sebagai faktor produksi senjata untuk kebutuhan perang, Strategi ini melibatkan semua warga untuk ikut andil dalam pertahanan dan keamanan negara sesuai dengan keahlian dari masing-masing warga negara. TNI masih memutuskan untuk mempertahankan doktrin militer ini, karena sudah terbukti berhasil dari Perang Kemerdekaan 1945-1949 hingga masa Trikora dan Dwikora. Menurut Blank (2021), Penggunaan doktrin militer ini juga masih dipertahankan, karena sesuai dengan dokumen Defense White Paper 2015 yang hanya berfokus pada ancaman di luar militer, seperti bencana alam, kejahatan siber, epidemi, terorisme, dan pembangunan karakter manusia. Hal ini menandakan bahwa TNI tidak memfokuskan skenario apabila menghadapi serangan dari luar negeri. Fokus ancaman yang paling mendekati hanyalah kontra-insurgensi, seperti operasi melawan kelompok kriminal bersenjata (KKB) di Papua. Ini berarti TNI tidak mengubah konsep pertahanan dari continental based defense menjadi maritime based defense. Konsep pertahanan berbasis darat cenderung menunggu musuh untuk menguasai wilayah laut dan melakukan pendaratan di pesisir sebelum akhirnya pertempuran paling sengit terjadi di wilayah daratan yang dilakukan oleh TNI dan rakyat sesuai dengan strategi sishankamrata melawan kekuatan lawan. Apabila konflik di Laut Tiongkok Selatan terjadi, pertahanan udara dan laut akan memainkan peran utama yang menentukan apakah Indonesia dapat mempertahankan wilayah Laut Natuna Utara atau harus kehilangan wilayah tersebut. Dengan kata lain, doktrin militer Indonesia tidak akan bekerja optimal.
Sementara itu, militer Tiongkok hanya memiliki sistem persenjataan yang canggih dalam jumlah besar. Militer Tiongkok sudah melakukan modernisasi dengan sangat cepat selama 20 tahun sejak awal tahun 2000. Modernisasi ini dilakukan kepada semua matra. Selama 20 tahun ini, Tiongkok sudah mengembangkan sistem persenjataan kepada tiga matra miltiernya dalam mengahadapi peperangan di masa sekarang. Tidak hanya pengembangan senjata canggih, tetapi juga Tiongkok memiliki kemampuan yang sangat baik pada lini produksinya. Alhasil dalam waktu cepat, militer Tiongkok sudah memiliki banyak transformasi hingga dapat menandingin kekuatan militer AS di wilayah Indo-Pasifik dan negara-negara tetangga Tiongkok. Tentara Pembebasan Rakyat Tiongkok atau dikenal dengan sebutan PLA sudah melakukan reorganisasi besar-besaran pada struktur komando operasionalnya pada tahun 2016. Sejak tahun 2016, PLA membagi wilayah komando operasi menjadi 5 wilayah, yaitu Theater Timur, dan Komando Theater Selatan. Wilayah komando Theater ini merupakan wilayah operasional gabungan antara 3 matra (darat, laut, dan udara).  Pembagian wilayah komando ini sama seperti Komando Gabungan Wilayah Pertahanan (Kogabwilhan) yang ada di TNI. Sistem ini digunakan sebagai hasil dari doktrin perang Network Centric Warfare  (NCW) yang menitikberatkan pada integrasi koordinasi dan komunikasi antara berbagai elemen tempur hingga berbagai matra dalam satu zona wilayah operasi. Sesuai dengan letak geografis, Komando Theater Selatan PLA bertanggung jawab untuk pengamanan wilayah Laut Tiongkok Selatan.  Seperti pada analisis kemampuan Indonesia dalam segi pertahanan, pembahasan analisis akan lebih dititikberatkan pada kapabilitas tempur untuk Angkatan Udara Tiongkok (PLAAF) dan Angkatan Laut Tiongkok (PLAN). Â
Semua kapal AL Tiongkok pada wilayah Komando Theater Selatan digabung ke dalam Armada Selatan. Armada Selatan memiliki 10 detasemen kapal perang, yang terdiri dari 2 detasemen kapal perusak, 3 detasemen kapal fregat, 2 detasemen kapal selam, 1 detasemen kapal pendaratan, dan 2 detasemen kapal pendukung tempur Tiongkok. Berdasarkan data yang dikeluarkan oleh Laporan Kongres Amerika Serikat tahun 2024, diperkirakan AL Tiongkok akan memiliki 400 kapal perang yang disebar ke dalam 3 armada, sehingga dapat diestimasi bahwa kapal perang Tiongkok yang dimiliki oleh Armada Selatan bisa mencapai 100-130 kapal, apabila total dari jumlah kapal yang dimiliki oleh AL Tiongkok dibagi ke dalam 3 armada perang yang dimiliki masing-masing sama banyaknya. Jumah ini belum termasuk jumlah kapal Penjaga Pantai Tiongkok (CCG). Berdasarkan data laporan dari Congressional Research Service tanggal 30 Januari 2024, Penjaga Pantai Tiongkok memiliki 142 kapal patroli dengan berbagai ukuran pada tahun 2023. Dapat diperkirakan bahwa Penjaga Pantai Tiongkok menempatkan sekitar 47-53 kapal patroli.
Sementara itu, untuk penguasaan udara, AU Tiongkok memiliki sekitar 1.700 pesawat dari berbagai jenis. Komando Theater Selatan AU Tiongkok memiliki 4 divisi pesawat tempur, 1 divisi pesawat pembom, 1 divisi pesawat kargo, dan 1 resimen independen yang disebar pada beberapa pangkalan udara di provinsi Yunnan, Guangdo, Hunan, dan Guizhou. Pesawat-pesawat yang ada di Komando Theater Selatan tidak hanya dari AU Tiongkok, tapi juga berasal dari Kesatuan Penerbang AL Tiongkok. Kesatuan tersebut memiliki 5 resimen udara, dengan berbagai jenis pesawat, yang ditempatkan di provinsi Guangxi dan Pulau Hainan. Ditambah lagi terdapat pesawat tempur Kesatuan Penerbang AL Tiongkok yang ditempatkan di kapal induk AL Tiongkok Shandong. Menurut Trevethan (2018), satu divisi pesawat tempur dan serang biasanya berisi 72 pesawat tempur dan 120 pilot, sedangkan satu divisi pesawat pembom berisi 54 pesawat pembom dan 90 kru pesawat. Satu divisi pesawat tempur dan serang ini dibagi lagi menjadi 2-3 resimen, di mana setiap resimen berisi 24 pesawat tempur, ditambah 6 pesawat tempur cadangan dalam beberapa keadaan, dan 40 pilot. Sementara satu resimen pesawat pembom berisi 18 pesawat pembom. Dengan penjabaran ini, dapat diperkirakan bahwa jumlah pesawat yang dimiliki oleh AU Tiongkok dan Kesatuan Penerbang AL Tiongkok bisa mencapai 624 pesawat, yang ditempatkan di Komando Theater Selatan.
Tiongkok tidak hanya memiliki kekuatan militer yang kuat, tapi juga pangkalan mereka cukup dekat dengan Laut Natuna Utara relatif cukup dekat. Hal ini dikarenakan banyak pulau-pulau sengketa di Laut Tiongkok Selatan yang sudah direklamasi dan dijadikan sebagai pangkalan laut oleh Tiongkok, terutama Kepulauan Spratly sejak tahun 2014.
