Dalam sejarah modern Indonesia, selama puluhan tahun setelah merdeka, banyak terjadi peristiwa dan sejarah yang menggambarkan pasang surut kehidupan sosial, ekonomi politik dan budaya bangsa ini. Ada yang gilang gemilang dan tidak sedikit juga sejarah kelam yang sering secara sadar atau tidak sering kita sangkal pernah terjadi.
Namun, kali ini, presiden, atas nama negara, dengan tulus hati dan besar jiwa mengakui adanya 12 peristiwa pelanggaran HAM berat yang pernah terjadi di negeri ini di masa lalu.Â
Sekarang mari kita bahas sedikit lebih banyak mengenai peristiwa-peristiwa yang digolongkan sebagai pelanggaran HAM berat yang terjadi sejak 1965 hingga 2003 itu:
1.Peristiwa 1965/66 Â
Banyak yang mengasosiasikan peristiwa kelam 1965/66 ini dengan PKI. Karena itu banyak orang yang langsung mengernyitkan kening setiap kali pemerintah ingin mengakui adanya pelanggaran berat seakan-akan ingin minta maaf kepada PKI. Â Yang perlu dipertegas bahwa pelanggaran HAM berat pada masa itu bukan hanya terjadi kepada PKI atau simpatisannya saja. Tetapi lebih dari itu, banyak masyarakat umum yang bukan PKI atau sama sekali tidak tahu apa-apa pun ikut menjadi korban. Â Suatu periode yang memang sangat kelam dalam sejarah yang tidak boleh kita sangkal memang pernah terjadi. Dan Semoga tidak pernah terjadi lagi. Tidak ada angka yang pasti berapa jumlah korban peristiwa ini, ada yang menyebut 500 ribu jiwa ada pula yang menyebut 1,5 bahkan hingga 3 juta jiwa?
2. Peristiwa Talangsari Lampung 1989,
Peristiwa ini pun merupakan sejarah kelam pelanggaran HAM berat yang hingga saat ini tidak pernah selesai penanganannya, Â Terjadi pada 7 Februari 1989 di desa Talangsari, Rajabasa Lama, Lampung Timur.Â
Peristiwa ini masih berhubungan dengan penerapan asas tunggal Panca Sila sehingga bila ada kegiatan kelompok yang dianggap membahayakan Panca Sila bisa langsung ditumpas habis.  Menurut catatan Komnas HAM, ada sekitar 130 orang meninggal dan puluhan lainnya  disiksa dan mendapat perlakuan kejam yang hingga kini pun masih belum tuntas. Jumlah korban pasti pun tidak diketahui.
3. Peristiwa Penghilangan Orang Secara Paksa 1997-1998,
Ini adalah serangkaian peristiwa yang terjadi di masa kacau akhir orde baru  hingga masa reformasi.  Banyak sekali aktivis dan orang-orang yang dianggap berbahaya dan kritis terhadap orde baru harus dihilangkan baik diculik dan kemudian dibunuh.  Sebagian tokoh itu selamat, tetapi sebagian masih hilang tidak tentu rimbanya. Salah satunya adalah Widji Thukul.
