Â
8. Peristiwa Simpang KKA Aceh 3 Mei 1999,
Peristiwa ini dikenal juga sebagai tragedi Dewantara atau Krueng Geukeuh dan terjadi di Kecamatan Dewantara. Masih berhubungan dengan GAM di Aceh dengan TNI dimana terjadi penembakan terhadap massa yang sedang demo. Â Ada 23 orang meninggal dan lebih 30 orang terluka dalam insiden ini.
9. Peristiwa Wasior 2001
Peristiwa ini sebenarnya berasal dar konflik ekonomi antara perusahaan dan masyarakat lokal di Wasior, Papua. Â Namun akhirnya melibatkan aparat berupa Brimob dan TNI dan juga Gerakan separatis OPM.. Akhirnya terjadilah kekerasan dan pelanggaran HAM berat dengan masyarakat sebagai korban.
10. Wamena 2001,
Peristiwa Wamena pada April 2003 juga merupakan konflik antara masyarakat Papua yang diawali dengan pencurian di Gudang senjata yang menyebabkan anggota TNI tewas. Namun kemudian TNI pun membalas dengan kekerasan yang menyebabkan korban di pihak masyarakat.
Â
11.Peristiwa Jambo Keupok Aceh 2003,
Peristiwa di Aceh Selatan ini terjadi pada 17 Mei 2003 dan masih ada hubungannya dengan GAM. Â Peristiwa diawali dengan adanya informasi anggota GAM di kampung Jambo Keupok dan ketika TNI mencoba mencari anggota GAM tersebut terjadi kekerasan dan pelanggaran HAM yang menyebabkan belasan orang mengalami kekerasan hingga pembunuhan dan juga pembakaran rumah-rumah.
12. Penembakan Misterius (Petrus) 1982-1985.