4. Peristiwa Rumoh Geudong Aceh 1998,
Peristiwa ini terjadi semasa konflik GAM dengan pemerintah RI yang menyebabkan penerapan DOM di Aceh. Nah pada masa itu Rumoh Geudong yang terletak di Dea Bili, Kabupaten Pidie, Aceh dijadikan markas TNI sejak 1989-dampai pembakaran masa pada 1998.
Konon saat rumah ini dijadikan markas sering terjadi banyak orang ditangkap, diinterogasi dan terjadi kekerasan termasuk perkosaan yang digolongkan sebagai pelanggaran HAM berat. Â Jumlah korban juga tidak dapat dipastikan.
Peristiwa ini sangat terkenal sebagai salah satu peristiwa kelam di Indonesia selain peristiwa 1965/66. Â Peristiwa terjadi baik di Jakarta maupun berbagai kota besar di Indonesia pada 13-14 hingga 15 Mei yang merupakan pembakaran rumah dan toko serta perkosaan terhadap etnis Tionghoa.
Walaupun etnis Tionghoa yang menjadi sasaran, tetapi banyak pula yang bukan etnis Tionghoa ikut menjadi korban terutama saat beberapa pusat perbelanjaan dibakar massa tidak dikenal. Â Hingga saat ini peristiwa ini pun terus menjadi kontroversi. Pada masa itu banyak etnis Tionghoa yang eksodus ke berbagai negara tetangga seperti Singapura dan Malaysia.
6. Tragedi Trisakti, Semanggi I, dan Semanggi II,
Tragedi Trisakti merupakan penembakan terhadap mahasiswa yang demo menuntut mundur presiden Suharto di Kampus Universitas Trisakti pada 12 Mei 1998. Akibatnya 4 mahasiswa tewas dan puluhan luka-luka. Â Peristiwa ini menjadi semacam prolog untuk kerusuhan Mei yang terjadi sesudahnya.
Sementara  Semanggi I dan II merujuk kepada demo atau protes mahasiswa dan masyarakat kepada pemerintahan transisi Indonesia setelah runtuhnya Orde Baru.  Semanggi I terjadi pada 11-13 November 1998 yang menyebabkan 17 warga sipil tewas sementara Semanggi II terjadi pada 24 September 1999 yang menyebabkan 1 mahasiswa dan 17 warga tewas serta puluhan atau mungkin ratusan orang luka-luka.
7. Peristiwa Pembunuhan Dukun Santet 1998-1999,
Peristiwa ini terjadi di kawasan Banyuwangi dan sekitar nya pada 1998-hingga 1999 yang menyasar orang-orang yang dituduh sebagai dukun santet. Bahkan kemudian melebar juga kepada sebagian santri dan kyai. Â Jumlah korban motif dan pelaku pun hingga saat ini tidak jelas, tetapi ratusan orang juga yang menjadi korban.