Malam itu, seribu prajurit yang gugur sebagai syuhada. Kemenangan Aceh dalam pertempuran laut armada selat malaka aceh melawan portugis menyebabkan gugurnya dua orang laksamana.[6] Satu diantaranya, Mahmudsyah seorang panglima armada perang selat malaka aceh. Kawan Malahayati di Asykar Baital Maqdis yang pada saat itu telah menjadi suaminya, ia gugur di pertempuran Selat Malaka melawan Portugis.[7] Berkat kekalahan itu, kelak Malahayati akan akan menjadi pemimpin armada perang yang membuat sistem pertahanan yang kuat di daratan maupun lautan. Mereka memiliki benteng di Teluk Lamreh Kraung Raya dan 100 kapal.[8]
Disamping kabar kemenangan yang menggembirakan itu, Malahayati yang pada saat itu sudah diangkat oleh Sultan Al Mukammil sebagai Komandan Protokol Istana Darud Dunia (Istana Kesultanan Aceh Darussalam) tampak geram dan marah terhadap penjajah yang sudah menyebabkan suaminya terbunuh. Akhirnya ia bertekad dan memohon kepada sang Sultan agar membentuk sebuah armada aceh yang prajuritnya terdiri dari para Wanita janda, yang suaminya gugur dalam perang teluk haru.[9]
Permohonan itu diwujudkan. Lalu dibentuklah Armada Inong Balee (Armada Wanita Janda) dan Malahayati bertindak sebagai panglimanya. Benteng pertahanan armada ini terletak di Teluk Lamreh Kraung Raya. [10]
Cornelis de Houtman tewas berlumuran darah di bilah rencong Malahayati
Â
 
Armada Inong Balee dengan 100 kapal perang dilengkapi Meriam-meriam dan lila-lila melaju dan menghadang kapal "dagang" belanda yang dipersenjatai. Mulanya pada juni tahun 1599, kedatangan kapal belanda itu secara resmi diterima dengan wajar sebagai armada dagang, namun mereka dalam perkembangannya melakukan pengkhianatan kepada sultan, melakukan manipulasi dagang, mengacau, menghasut yang akhirnya membuat situasi di pelabuhan itu menjadi kacau balau. [11]
Pertempuran setelah Teluk Haru yang menyebabkan suami Malahayati wafat dan menandai kekalahan Portugis, perjuangan rakyat  Aceh belum selesai. Mereka harus menghadapi upaya invasi dari Belanda. Situasi semakin memanas ketika armada pimpinan Cornelis de Houtman dihadang oleh Malahayati. Kapal-kapal penuh senjata itu disamarkan menjadi kapal dagang. Ketika hendak menyerang armada kapal belanda, Malahayati berkumpul di benteng pertahanan Inong Balee. Lalu segera ketika subuh hari, mereka masuk ke geladak-geladak kapal belanda, Malahayati berlari dengan pasukan dari armada inong balee yang berjumlah sekitar 2000 orang itu menyerang pasukan belanda. Lalu beberapa saat kemudian, kekacauan terjadi di geladak-geladak kapal. Tak lama kemudian, di tangannya, Cornelis de Houtman harus berlumuran darah karena berhasil ditikam oleh rencong milik malahayati. Sedangkan saudaranya, Frederick de Houtman berhasil ditawan oleh prajurit Inong Balee dan diserahkan kepada sultan.
"Di kapal van Leew telah dibunuh Cornelis de Houtman dan anak buahnya oleh Laksamana Malahayati sendiri, sementara sekretaris rahasianya menyerang Frederijk de Houtman dan ditawannya serta dibawa ke darat. Davis dan Tomkins menderita luka...", Marie can C. Zeggelen.[12]
Setelah peristiwa itu datang pula tantangan baru dari Jacob van Neck yang harus dihadapi oleh Armada perang aceh, Malahayati dengan memerintahkan penangkapan Laksamana Belanda itu pada tahun 1601. Perlawanan sengit dari armada Malahayati membuat Belanda menyerah. Penguasa negeri kincir, Maurits van Oranje mengirim utusan diplomatik beserta surat permintaan maaf kepada Kerajaan Aceh. Kedua utusan tersebut ditemui oleh Malahayati sendiri dan berbuah kesepakatan gencatan senjata. Belanda setuju membayar 50 ribu gulden sebagai kompensasi atas tindakan Paulus van Caerden, sementara Malahayati membebaskan sejumlah tahanan Belanda yang ditawan pasukannya.[13]
Perlu catatan panjang untuk menuliskan sejarah perjuangan dan kebesaran sosok Laksamana Malahayati. Ia sebetulnya tidak hanya berpangkat Laksamana, tetapi ia juga menjabat sebagai Panglima Armada Inong Bale Kerajaan Aceh Darussalam, Komandan Potokol Istana Darud Dunia, diplomat dan Kepala Rahasia kerajaan. Negara-negara besar baik di Eropa maupun Amerika Serikat sepanjang sejarah tidak ada yang mampu mengungguli Malahayati, tidak ada yang memiliki sosoknya. Laksamana Keumalahayati, memiliki peran dan jasa yang sangat penting bagi Kerajaan Aceh Darussalam. Ia dikenal sebagai The Guardian of Acheh Kingdom yang disegani dan dihormati oleh musuh maupun teman. Prestasinya membuatnya masuk dalam jajaran 7 Warlord Women In The World dan Best Female Warrior At All Time. Keumalahayati menduduki posisi penting sebagai Chief Of The Imperial Guard Troop, Commander Secret Government, dan Chief Of Protocol Of Sultan Alaidin Riayatsyah Al Mukammil. Selain sebagai admiral dan komandan Angkatan Laut Kesultanan Aceh Darussalam, ia juga memimpin pasukan sebagai palace guard. Keumalahayati juga berperan sebagai diplomat bagi Sultan dan menjadi negosiator ulung dalam hubungan luar negeri. Dia memimpin pasukan Armada Inong Bale, yang terdiri dari 2000 hingga 3.500 lebih prajurit.[14]
