Menurut catatan Kompas.com, Setya beberapa kali diperiksa sebagai saksi dalam kasus dugaan suap Revisi Peraturan Daerah Nomor 6 Tahun 2010 tentang Penambahan Biaya Arena Menembak PON Riau. Kasus ini menjerat mantan Gubernur Riau, Rusli Zainal, yang juga politikus Partai Golkar.
KPK juga pernah menggeledah ruangan Setya Novanto di lantai 12, Nusantara I DPR, terkait penyidikan kasus yang sama. Dugaan keterlibatan dirinya dan anggota DPR Kahar Muzakir dalam kasus PON Riau terungkap melalui kesaksian mantan Kepala Dinas Pemuda dan Olahraga Riau, Lukman Abbas, di Pengadilan Tipikor Pekanbaru, Riau.
Saat itu, Lukman mengaku menyerahkan uang 1.050.000 dollar AS (sekitar Rp 9 miliar) kepada Kahar, anggota Komisi X DPR dari Partai Golkar. Penyerahan uang merupakan langkah permintaan bantuan PON dari dana APBN Rp 290 miliar.
Lebih jauh, Lukman mengungkapkan, awal Februari 2012, Setya Novanto menemani Rusli Zainal untuk mengajukan proposal bantuan dana APBN untuk keperluan PON melalui Kementerian Pemuda dan Olahraga senilai Rp 290 miliar.
Proposal itu disampaikan Rusli kepada Setya Novanto yang juga Ketua Fraksi Partai Golkar ketika itu. Untuk memuluskan langkah itu, harus disediakan dana 1.050.000 dollar AS. Dan alhasil pertemuan di ruangannya tersebut pernah diakui Setya Novanto. Namun, menurut Setya, pertemuan itu bukan membicarakan masalah PON, melainkan acara di DPP Partai Golkar.
Setya Novanto juga membantah terlibat dalam kasus dugaan suap PON Riau dalam beberapa kesempatan. Dirinya membantah pernah menerima proposal bantuan dana APBN untuk keperluan PON Riau, atau memerintahkan pihak Dinas Pemuda dan Olahraga Riau (Dispora Riau) untuk menyerahkan uang suap agar anggaran turun.
Kasus Akil Mochtar dan Setya Novanto Ikut Bermain
Selain kasus suap PON Riau, Setya Novanto juga pernah diperiksa sebagai saksi dalam kasus dugaan suap, gratifikasi, dan pencucian uang terkait sengketa pemilihan kepala daerah yang bergulir di Mahkamah Konstitusi. Kasus ini menjerat mantan Ketua MK, Akil Mochtar, yang juga mantan politikus Partai Golkar.
Pada 24 April 2014 lalu, Setya Novanto bersaksi dalam persidangan kasus Akil bersama dengan Sekretaris Jenderal Partai Golkar Idrus Marham. Dalam persidangan itu terungkap adanya pesan BlackBerry (BBM) antara Akil dan Ketua Dewan Pimpinan Daerah Partai Golkar Jatim sekaligus Ketua Bidang Pemenangan Pemilu Jawa Zainuddin Amali.
Pesan BBM tersebut berisi permintaan uang Rp 10 miliar dari Akil kepada Zainuddin.
“Ya cepatlah, pusing saya menghadapi sekjenmu itu, kita dikibulin melulu aja. Katanya yang biayai Nov sama Nirwan B? menurut sekjenmu, krna (karena) ada kepentingan bisnis disana. Jd (jadi)sama aku kecil2 aja, wah.. gak mau saya saya bilang besok atw(atau) lusa saya batalin tuh hasil pilkada Jatim. Emangnya aku anggota fpg (Fraksi Golkar di DPR)?”
Demikian bunyi pesan BBM yang dikirimkan Akil yang diperlihatkan jaksa KPK sebagai barang bukti dalam persidangan.