Susunan organisasi dan tata kerja Ditjen Peternakan ditetapkan pada 1983, sebelum Pelita V dan disempurnakan kembali pada 1990 untuk dapat mengembangkan kegiatan pembangunan Pelita V.
Di era reformasi, tahun 2000 terjadi perubahan nomenklatur struktur organisasi, Direktorat Jenderal Peternakan berubah menjadi Direktorat Jenderal Produksi Peternakan, kemudian tahun 2001 berubah menjadi Direktorat Jenderal Bina Produksi Peternakan.Â
Tugasnya dikira sangat sempit karena hanya berkaitan dengan produksi saja. Adapun pengolahan dan pemasaran hasil peternakan ditangani oleh Direktorat Jenderal  Pengolahan dan Pemasaran Hasil Pertanian.
Tahun 2005 kembali berganti nama menjadi Direktorat Jenderal Peternakan. Tahun 2010 namanya menjadi Direktorat Jenderal Peternakan dan Kesehatan Hewan yang tetap digunakan hingga kini--tidak mengalami perubahan.Â
Dari Pandemi hingga PMKÂ
Euforia hari Peternakan dan Kesehatan Hewan biasanya santer dengan tagline yang menguatkan, seperti: #Peternak Sejahtera, Kesehatan Hewan Terjaga.Â
Namun ada berbagai tantangan untuk kesejahteraan dan keterjagaan itu. Wabah Pandemi Covid-19 hingga Penyakit Mulut dan Kuku (PMK). Keduanya menjadi alarm bahwa kondisi peternakan sedang tidak baik-baik saja.
Oleh sebab pandemi covid-19 peternakan di kepulauan berada pada posisi jalan di tempat. lebih khusus untuk peternakan ayam broiler. Hal ini diakibatkan karena peningkatan biaya produksi dan keterbatasan akses bahan baku.
Saat pandemi peternak di daerah mengalami kesulitan untuk mendapatkan DOC (day old chick). Kalaupun ada dalam jumlah yang terbatas serta harga yang merangkak naik.Â
Sebelum pandemi misalnya, harga DOC untuk wilayah Maluku Utara antara Rp. 11 ribu hingga Rp. 12 ribu. Sementara saat pandemi harga DOC bisa tembus Rp. 15 ribu.
Pakan juga merupakan bahan yang sulit didapatkan saat pandemi melanda. Sentra produksi pakan yang berpusat di pulau Jawa menjadikan akses tidak mudah didapatkan. Saat pandemi ada kebijakan Pembatasan Sosial Berskala Besar (PSBB) hingga lock down yang berimbas pada kesulitan akses di daerah kepulauan.