Pada tanggal itu pula RP Soedarsono sebagai komandan PI mengumumkan bahwa mulai saat itu PI tidak lagi berada dibawah komando tentara Jepang tetapi berada di bawah komando Sri Sultan Hamengku Buwana IX dan Sri Paku Alam VIII. Namun pihak Jepang tidak mau menerima hal itu, kemudian terjadilah perlucutan senjata PI di asrama Gayam oleh tentara militer Jepang.
Para pemuda dan rakyat Yogya sangat marah atas peristiwa itu. Namun RP Soedarsono berhasil membujuk militer Jepang untuk mengembalikaan persenjataan PI.
Dan pada tanggal 25 dan 26 September terjadilah aksi pemuda bersama PI untuk merebut kantor-kantor dan perusahaan yang dikuasai Jepang. Dan hamper semua dapat dikuasai. Tinggal Asrama Militer Jepang di Kotabaru yang belum terkuasai.
Melalui maklumat 5 Oktober 1945 Badan Keamanan Rakyat berubah menjadi Tentara Keamanan Rakyat. Pemuda bekas Heiho dan PETA yang belum bergabung dihimbau untuk segera bergabung untuk memperkuat TKR.
Pagi itu aku masih malas bangun ketika beberapa pemuda Kauman mendatangiku di Notoprajan. Diantaranya Abu Bakar Ali dan Muhammad Wardani. Dua pemuda gagah namun penampilannya sangat alim.
Kami membicarakan rencana para pemuda untuk melucuti senjata Jepang di markas tentara Jepang di Kotabaru bekerja sama dengan TKR dan PI.
'BKR dan PI yang memiliki persenjataan lengkap akan melakukan penyerbuan bersama bila perundingan damai ini gagal.'kata Supadi.
'Pokoknya kita akan mengunakan senjata apa saja yang kita miliki. Bambu runcing, tombak, keris atau apapun. Yang penting semangat kemerdekaan.'
'Merdeka!'
'Merdeka!Allahu Akbar!' semua yang adir menyambut pekik kemerdekaan dengan gemuruh.
'Kita tunggu saja hasil perundingan dari Faridan, nanti malam. Bila perundingan gagal kita siap menyerbu. Siap?' kata Wardani.
