Natuna diasumsikan masuk dalam wilayah pengaruh Kerajaan Majapahit pada masa kejayaannya sebagaimana dari catatan penulis Arab abad ke-12 saat mulai berkurangnya pengaruh Kerajaan Sriwijaya, Ibnu Said menuliskan tentang adanya bajak laut dari Bentan (yang kita kenal sebagai Bintan saat ini) melemahnya pengaruh mandala Sriwijaya di wilayah Bintan terjadi dikarenakan kurang puasnya para datuk-datuk dengan menjalani gaya hidup bebas dengan merampok atau membajak kapal-kapal asing.[12]
Â
B. Kerajaan Singasari dan Majapahit
Â
      Selain Kerajaan Melayu pada abad ke-12 ada pula pengaruh yang sangat besar di wilayah Nusantara yang itu kerajaan-kerajaan di Pulau Jawa, berdasarkan kata-kata Mpu Prapanca pada tulisannya 1365 "Sriwijaya sadar tentang adanya Kerajaan di Jawa yang mana di Pulau Jawa adalah yang lebih penting dari pulau-pulau yang banyak.
Â
      Pada abad ke-12 saat pengaruh Kerajaan Sriwijaya mulai melemah Kartanegara menyerang melayu pada 1275, dikarenakan sedang lemahnya pengaruh Sriwijaya di semenanjung melayu sehingga Pasukan Kertanegara tidak mendapatkan hadangan dengan kekuatan penuh.
Â
      Sumber yang terpercaya dan penemuan yang paling penting tentang Kerajaan Singasari dan Majapahit adalah Naskah Kakawin Nagarakertagama yang mana mengisahkan cukup detil tentang wilayah kekuasaan dan tatacara menjalankan kekuasaannya. Cukup jelas hampir seluruh wilayah Nusantara kala itu diduduki oleh Kerajaan Majapahit, pada abad ke-12 Kekaisaran Mongol di Tiongkok cukup melakukan invasi secara besar-besaran ke wilayah Nusantara dengan mengirimkan utusan-utusannya ke wilayah Nusantara dengan maksud untuk menaklukkan wilayah Nusantara dengan meminta upeti sebagai tanda takluk pada Kerajaan Mongol.
Â
      Usaha Mongol tersebut berhasil ditolak oleh Raja Kertanegara yang saat itu memimpin Kerajaan Singasari, saat utusan mongol Meng-qi datang kehadapan Raja Kertanegara telinganya dipotong dan disuruh untuk kembali ke mongol untuk memberitakan kepada Kubilaikhan bahwasannya Raja Kertanegara enggan tunduk kepada Mongol.