Adapun penerapan dalam persiapan dokumentasi transfer pricing dengan mengadopsi model PDCA yaitu
1. Planning (Rencana)
Langkah pertama dalam menyelenggarakan dokumentasi transfer pricing adalah merencakan penentuan harga transfer denagn metode yang sesuai dalam transaksi afiliasi sesuai dengan karakteristik barang atau jasa atau barang yang tidak berwujud yang relavan secara ekonomi dengan menerapkan prinsip kewajaran dan kelaziman dengan memahami metode-metode transfer pricing yang berlaku.
2. Do (Lakukan)
Setelah melakukan rencana harga transfer, maka kemudian menetapkan harga transfer pricing dengan metode yang tepat dalam transaksi afiliasi, dengan selalu mendokumentasikan secara berkesinambungan atas transaksi tersebut guna penyelenggarakan dokumentasi transfer pricing. Dan pastikan setiap transaksi afiliasi sesuai dengan ketentuan yang berlaku.
3. Check (Periksa)
Tinjau tes yang Anda jalankan selama fase Do pada siklus PDCA untuk memastikan semuanya berjalan sesuai rencana. Kemungkinan besar, Anda akan mengidentifikasi hal-hal yang perlu diperbaiki selama fase "Do". Pada fase ini dalam proses penyelenggaraan dokumentasi tranfer pricing perlu melakukan perbandingan-perbandingan atas transfer pricing yang telah ditetapkan dengan prinsip kelaziman dan kewajaran, mencari dan observasi data pembanding sesuai dengan faktor-faktor kesebandingan yang tepat.
4. Act (Bertindak)
Setelah pencarian data pembanding dan melakukan observasi maka di fase selanjutnya mengimplementasi transfer pricing dengan metode yang telah ditetapkan dengan melaporkan dalam tiga bentuk dokumentasi yaitu dokumen induk (Masterfile), dokumen lokal (Local File) dan laporan per negara (Country by Country Reporting). Jika pada tindakan ini dipandang kurang tepat kebijakan yang diambil oleh manajemen, maka manajemen dapat mengulang kembali ke fase planning dengan memperbaiki kesalahan-kesalahan yang telah dilakukan dalam fase PDCA semula atau pertama.
Perlu diingat bahwa PDCA adalah sebuah siklus. Sehingga jika nanti didapati  pemeriksaan dari sisi otoritas pajak dan harga transfer pricing yang diterapkan dipandang belum memenuhi persyaratan prinsip kelaziman dan kewajaran maka wajib pajak dapat mengulangi kembali siklus PDCA dengan tetap selalu mendokumentasikan setiap perubahan kebijakan-kebijakan transfer pricing yang telah di tetapkan dari manajemen dan dokumentasi transfer pricing tersebut dapat dijadikan dokumen pendukun apabila terdapat pemeriksaan dari otoritas pajak.
Dalam siklus PDCA adalah alat yang ampuh untuk terus melakukan perbaikan dalam meningkatkan manajemen perusahaan. Adapun kelebihan dari siklus PDCA adalah
- Bermanfaat bagi perusahaan yang ingin memulai perbaikan secara berkelanjutan
- Metodologi fleksibel untuk hampir semua perusahaan
- Penerapan perubahan yang cepat dan dapat terlihat langsung hasilnya
- Penerapan siklus PDCA dapat sebagai dasar pembuatan Standard Operational Procedure (SOP) untuk meningkatkan standardisasi seluruh manajeman perusahaan
- Sistem perbaikan berkelanjutan yang terbukti
