Dalam film Air Mata di Ujung Sajadah, Fedi Nuril tidak lagi memerankan karakter yang melakukan poligami. Ia begitu setia pada istrinya yang diperankan oleh Citra Kirana. Keduanya tampil serasi. Fedi Nuril yang kerap memerankan aktor agamis, dipasangkan dengan Citra Kirana yang sudah mantap untuk berhijab.
Film ini berawal dari kisah seorang mahasiswa bernama Aqilla yang diperankan oleh Titi Kamal. Aqilla berasal dari keluarga berada yang hidup di rumah mewah bersama Ibu dan para pembantunya. Aqilla jatuh hati temannya, tetapi hubungan mereka ditentang oleh Ibu Halimah (Ibunda Aqilla yang diperankan oleh Tutie Kirana).
Cintanya yang teramat besar dan hasrat ingin segera bersama, membuat Aqilla kabur dari rumah dan memutuskan untuk menikah siri dengan pacarnya meski masih berusia muda. Aqilla seperti anak umur 20an yang merasa sudah dewasa, bisa mengatasi permasalahannya sendiri, dan ingin mengambil keputusan sendiri.
Meski tinggal di rumah susun yang penuh kesederhanaan dan keterbatasan, Aqilla tetap menjalani kehidupan barunya dengan suka cita bersama lelaki yang ia cintai. Aqilla sampai rela mengambil cuti kuliah untuk mengurangi biaya dan beban suaminya.
Naasnya, kebersamaan sepasang pengantin muda ini tidak berlangsung lama. Takdir berkata lain yang merenggut nyawa suaminya akibat kecelakaan motor yang tak jauh dari kediaman mereka. Aqilla sangat terpuruk dengan keadaan yang tak pernah ia bayangkan sebelumnya. Tetapi ia harus kuat meneruskan hidupnya karena sedang mengandung.
Tak tahu lagi harus meminta bantuan kepada siapa, Aqilla menyerah dan kembali ke rumah Ibunya. Meski marah besar karena keputusan Aqilla yang menentang restunya, Ibu Halimah tetap menerima anaknya kembali apalagi melihat perut Aqilla yang sudah sangat besar.
Ketika melahirkan di rumah sakit, Ibu Halimah secara diam-diam memberikan anak Aqilla kepada pegawainya bernama Arif dan Yumna. Arif diperankan oleh Fedi Nuril, dan Yumna diperankan oleh Citra Kirana. Sepasang suami istri ini belum dikaruniai anak. Ibu Halimah akan selalu memberikan uang untuk kebutuhan sang cucu dengan syarat Arif dan Yumna harus membawa cucunya pergi ke luar kota.
Sementara itu, Aqilla tidak diberitahu terkait dengan anaknya. Dia hanya diberitahu bahwa anaknya tidak selamat. Ibu Halimah sampai membuat makam palsu untuk meyakinkan Aqilla bahwa anaknya tidak selamat. Ibu Halimah hanya ingin Aqilla memulai kehidupan baru tanpa terbayang-bayang kisah masa lalu kelamnya.
Sesuai keinginan Ibu Halimah, Aqilla kembali menata kehidupannya. Ia pergi ke luar negeri untuk kembali melanjutkan studinya di bidang arsitektur.
Tujuh tahun kemudian, pembantu Aqilla di Jakarta mengabari bahwa Ibu Halimah sakit keras. Tanpa berpikir panjang, Aqilla kembali pulang ke Jakarta menemui Ibunya yang sudah kritis.
Tak mau menanggung beban sampai di penghujung napasnya, Ibu Halimah memberitahu terkait anak Aqilla yang diberikan kepada Arif dan Yumna. Aqilla sangat kecewa mendengar pengakuan itu. Selama 7 tahun, ibunya sendiri yang memisahkan dirinya dengan darah dagingnya sendiri.
