         Dalam bulan-bulan berikutnya, aktivis liberal merasa dikhianati oleh Islamis, yang tidak berpartisipasi dalam demonstrasi anti militer yang mengekspos demonstran liberal dan sayap kiri atas pelanggaran hak asasi manusia berat termasuk penyiksaan dan pengadilan militer. Serangan oleh militer terhadap demonstran sipil sampai dengan pemilihan parlemen yang dimulai pada tanggal 28 November 2011 menarik kritik keras dari aktivis dan politisi lokal dan internasional. Ikhwanul telah menyerukan agar tetap tenang dan berharap untuk menghindari konfrontasi dengan SCAF untuk mempertahankan fokus terhadap kemenangan pemilu. Hanya ketika muncul bahwa SCAF dimaksudkan untuk merebut kendali dari proses konstitusi penyusunan yang dilakukan Islamis yang mulai memprotes pada pertengahan November 2011. Sebagian besar kemudian menarik diri, namun meninggalkan pemuda liberal, sekuler, dan kiri untuk menghadapi gas air mata dan peluru karet di Jalan Mohamed Mahmoud pusat kota Kairo pada November dan Desember. Ketika ditanya tentang ketidakhadiran Islam atas demonstrasi, seorang pemrotes tersenyum dan berkata, "Ikhwanul Muslimin akan berjuang sampai liberal penghabisan.
         Pemilihan parlemen pertama setelah revolusi diadakan di tiga putaran antara November 2011 dan Januari 2012 dan menggambarkan kegagalan kaum liberal 'untuk mengubah momentum mereka ke dalam kehadiran politik. Bukti menunjukkan, bahwa kerugian mereka berasal lebih dari salah perhitungan politik dari antipati publik atas ide-ide liberal. Dalam skenario sesudah revolusi, beragam partai (liberal, Islam, sayap kiri, dan nasionalis) menjamur setelah batas era kekejam Mubarak dicabut. Sementara lengan politik baru Ikhwan, Kebebasan dan Keadilan Partai (FJP), dan beberapa pihak Salafi (yang paling penting adalah Partai Nour) bekerja dengan tekun dalam kampanye mereka, liberal dan non-Islam sering menangguhkan kegiatan mereka di tengah bentrokan dengan pasukan keamanan dan main mata sampai saat terakhir ingin memboikot pemilu.
         Meskipun demikian, perebutan kekuasaan parlemen melahirkan koalisi di mana faksi Islam bergabung dengan partai-partai sekuler, liberal, dan sayap kiri, meskipun hanya sementara. Pada bulan Juni 2011, BJP membentuk Aliansi Demokratik untuk Mesir sebagai front bersatu melawan mantan politisi rezim memperebutkan kursi parlemen. Khususnya, Partai Ghad al-Thawra Ayman Nour tetap bagian dari aliansi meskipun serangkaian pembelotan, beberapa berdasarkan perbedaan ideologi dan lain-lain yang bersifat administratif. Efek moderasi suara pluralis dalam aliansi menyebabkan FJP setuju untuk menjatuhkan slogan "Islam adalah jawabannya" dan mengadopsi slogan religius yang lebih netral "Kami membawa kebaikan untuk semua Mesir.’ Anggota aliansi juga berkomitmen terhadap "Prinsip Dasar untuk Konstitusi Mesir Negara modern," sebuah dokumen yang akan memandu rancangan konstitusi terhadap penegakan supremasi hukum, kebebasan berekspresi, kebebasan berasosiasi, dan kebebasan berkeyakinan, sementara pada saat yang sama melestarikan Islam sebagai agama resmi negara dan shari`a sebagai sumber utama undang-undang.
Kekacauan Kampanye
      Blok Mesir yang dipimpin oleh Partai Kebebasan Mesir dan berperan sebagai kendaraan liberal sekuler akan digunakan untuk melawan oposisi Islam, terdiri dari kelompok yang didedikasikan untuk negara demokratis sipil. Juga mengalami pembelotan besar-besaran, terutama karena perselisihan daftar pemilih, meskipun sayap kiri dan afiliasi partai-partai revolusi seperti Partai Aliansi Populer Sosialis dan Partai Kebebasan  Mesir Amr Hamzawy meninggalkan koalisi dengan kemarahan atas masuknya mantan pejabat NDP sebagai kandidat serta sebagai kurangnya transparansi dalam seleksi calon. Pembelotan meninggalkan Blok yang hanya terdiri dari tiga partai, memaksanya untuk bersaing dengan banyak partai-partai liberal berhaluan lain seperti Adl (Partai Keadilan) dan Wasat (Partai Pusat) sebagai alternatif untuk Ikhwan dan Salafi. Partai Wafd Baru yang dikagumi, yakni sebuah partai mantan liberal pembawa standar yang telah menjadi tercemar oleh kerjasama dengan rezim Mubarak, pada awalnya direncanakan untuk dijalankan sebagai bagian dari koalisi FJP tapi akhirnya bekerja sendiri.
         Sebagai contoh kekacauan yang menimpa banyak kampanye liberal, kandidat George Ishak - pendiri Kifaya dan nama tuan-rumah di kampung halamannya di Port Said - kalah di babak pertama bersaing dengan Ikhwan yang dalam apa yang banyak orang harapkan akan menjadi perjuangan yang sengit. Manajer kampanye Ishak mengaku bahwa hampir tidak ada relawan mereka muncul pada menit-menit terakhir pengumuman dan observasi pemilu karena mereka semua telah dibawa bus ke Kairo untuk berpartisipasi dalam protes besar-besaran sebelum pemilu dan tidak dapat kembali ke Port Said tepat waktu. Bahkan, ada kemungkinan bahwa beberapa relawan dan pemilih yang tidak menentu pada hari pemilihan apakah Ishak berjuang terus atau memboikot – kemungkinan besar tidak ada cara untuk menang.
         Ada pengecualian untuk tren kegagalan liberal: intelektual Liberal dan media bintang Amr Hamzawy yang mudah memenangkan kursi ke Kairo di putaran pertama pemungutan suara, dan beberapa liberal terkemuka lainnya seperti analis Amr Chrobaky dan muda revolusioner Mostafa Naggar memperoleh kursi juga. Tapi hasil keseluruhan adalah Aliansi Demokrat FJP bagi Mesir memenangkan hampir setengah kursi di Majelis Rakyat dan pihak Salafi memenangkan seperempat, meninggalkan semua gabungan non-Islamis (liberal, kiri, dan Nasserites) dengan hanya seperempat dari kursi di parlemen. Namun, ini adalah penampilan terbaik yang liberal di jajak pendapat sejak Partai Wafd mulai menurun pada 1930-an.
         Setelah pemilu, Ikhwan dan Salafi, percaya negara berada di balik mereka, lebih memainkan tangan mereka dengan memilih 100 anggota majelis konstituante, termasuk 66 Islamis, tetapi hanya lima non-Muslim dan enam perempuan. Pemogokan oleh anggota non-Islam, pembekuan pengadilan pada kegiatan majelis ini, dan penolakan populer atas meluasnya dominasi Islam memaksa Islamis untuk mundur dan setuju untuk pembubaran majelis pada bulan April 2012. Pada bulan yang sama, parlemen menyetujui yang kedua, majelis sedikit lebih seimbang. Meskipun pada putaran lain walkouts, badan baru diselenggarakan bersama-sama berkat putaran pergeseran politik yang dramatis: Pada 14 Juni Mahkamah Agung Konstitusi memerintahkan untuk membubarkan Majelis Rakyat, apropriasi SCAFT atas eksekutif dan kekuasaan legislatif melalui  addendum konstitusional, dan limpasan presiden yang akan datang ditetapkan pada 16-17 Juni.
         Hampir dua lusin kandidat awalnya memasuki pemilihan presiden. Namun pada saat putaran pertama pemungutan suara pada 23-24 Mei, karena sejumlah diskualifikasi dan penarikan, hanya lima pesaing serius yang tersisa: Ahmed Shafiq (sekuler, mantan militer), Amr Moussa (sekuler, mantan diplomat), Mohamed Morsi (FJP), Abdel Moneim Abul Futuh (liberal Islam), dan Hamdeen Sabahi (Nasser). Untuk kekecewaan gerakan pemuda dan revolusioner liberal, Mohamed ElBaradei mundur dari kontes pada bulan Januari 2012. Ia mengklaim bahwa kurangnya struktur demokrasi yang tepat dan kesalahan penanganan SCAFT pasca transisi Mubarak memaksanya untuk mengejar tujuan-tujuan revolusi melalui saluran resmi. Penarikan ElBaradei dari perlombaan berarti bahwa kaum liberal yang tanpa calon alternatif independen.
         Abul Futuh dan Moussa tampaknya menjadi kandidat, namun keduanya kehilangan dukungan  publik setelah berpartisipasi dalam debat presiden Mesir pertama (dan sejauh ini hanya) di televisi pada 10 Mei. Pada putaran pertama pemungutan suara akhir bulan itu, Morsi memenangkan 25 persen dan Shafiq menang 24 persen yang menyisihkan pesaing Sabahi (21 persen), Abul Futuh (18 persen), dan Moussa (11 persen). Morsi memenangkan putaran kedua dengan 52 persen suara. Namun meskipun pentingnya dukungan Persaudaraan Muslim atas  kemenangan Mubarak sebagai presiden dan kurangnya calon yang benar-benar liberal dalam persiangan, nilai-nilai liberal memiliki kehadiran yang kuat di seluruh kampanye, dan hasil voting menunjukkan bahwa presiden non-Islam mungkin telah terpilih memiliki kandidat sekuler yang mengarahkan pimpinan sekuler perwira militer mantan Moussa, Abul Futuh, dan Sabahi - bergabung untuk memenangkan kira-kira setengah putaran pertama – yang membagi surat suara pemilih yang relatif moderat. Jadi Morsi dan Shafiq sebenarnya mewakili preferensi hanya sebagian kecil dari masyarakat Mesir, yang belum tentu terpolarisasi antara Islamis dan sekuler.
Islam dan ideologi liberal di Mesir telah berkumpul selama bertahun-tahun di sekitar pengakuan yang dipegang teguh tentang pentingnya membangun institusi demokrasi dan supremasi hukum.