Selanjutnya sebagai laporan pertanggung jawaban maka pemerintah Republik Indonesia menyampaikannya kepada pihak PBB dan melalui hasil sidang maka diputuskan mengenai ketetapan resolusi Nomor 2504 tanggal 19 November 1969 yang mengukuhkan hasil PEPERA dan menetapkan dan mengakui bahwa wilayah Papua merupakan bagian integral wilayah NKRI.
Kemudian berdasarkan keputusan Presiden RI sejak tanggal 1 Maret 1973 nama Irian Barat ditetapkan menjadi nama Irian Jaya.
Setelah itu juga ditetapkan undang undang nomor 45 tahun 1999 tentang pembentukan Provinsi otonomi khusus yaitu Irian Jaya Barat yang dalam pelaksanan pemerintahan daerahnya tetap berinduk pada Irian Jaya.
Perkembangan selanjutnya memasuki era reformasi sebagian masyarakat menginginkan  penggantian nama Irian Jaya menjadi Papua. Kemudian Presiden Abdurrahman Wahid atau Gus dur memenuhi permintaan sebagian masyarakat tersebut.
Dalam acara kunjungan resmi kenegaraan Presiden, sekaligus menyambut pergantian tahun baru 1999 ke 2000, pagi hari tanggal 1 Januari 2000, Gus Dur memaklumatkan bahwa nama Irian Jaya diubah namanya menjadi Papua.
Kemudian juga berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor 24 Tahun 2007 tanggal 18 April 2007 nama papua barat juga ditetapkan oleh pemerintah Republik Indonesia.
Papua dan Papua Barat merupakan provinsi yang memperoleh status otonomi khusus. Dalam hal ini Provinsi Papua Barat, meskipun telah menjadi provinsi tersendiri, tetap mendapat perlakuan khusus sebagaimana provinsi induknya.
Melalui perkembangan yang berjalan sejak masa reformasi terminologi Papua seringkali menjadi sorotan. Bahkan perkembangan selanjutnya nama Papua jadi bermakna ambigu.
Pasalnya keambiguan makna ini mengandung pengkerucutan atau pengelompokan ke arah rumpun ras Melanisea, sehingga seringkali dimanfaatkan untuk kepentingan kelempok kelompok tertentu ataupun separatis seperti organisasi papua merdeka (OPM) yang menginginkan Papua lepas dari NKRI.
Berbagai retorika dan propaganda di kembangkan untuk menafikan dan mengaburkan realita sejarah dan fakta yuridis yang merupakan dasar pengukuhan bahwa wilayah Papua sebagai bagian integral wilayah NKRI.
Era reformasi yang bernuansa kebebasan dan demokrasi seringkali dimanfaatkan sebagai kendaraan politik untuk mengatasnamakan aspirasi rakyat dan kepentingan rakyat.
